| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 446 | キド カイシュウ 木戸 海秀 (4) | 南部AC | 2:42.13 | |
| 2 | 18 | トミヤス ハルト 冨安 悠翔 (4) | 長与クラブ | 2:56.46 | |
| 3 | 448 | タカヒラ カイリ 高比良 浬 (4) | 南部AC | 2:58.67 | |
| 4 | 316 | フルカワ リョウ 古川 遼 (4) | 東長崎JC | 3:03.93 | |
| 5 | 200 | フクダ ワタル 福田 渡 (4) | 長崎陸上ク | 3:05.23 | |
| 6 | 17 | カモガワ カズキ 鴨川 和生 (4) | 長与クラブ | 3:06.91 | |
| 7 | 20 | クマモト ユウセイ 熊本 優生 (4) | 長与クラブ | 3:07.76 | |
| 8 | 445 | タジマ アツヤ 田嶋 春也 (4) | 南部AC | 3:10.00 | |
| 9 | 444 | ハギハラ ショウマ 萩原 翔馬 (4) | 南部AC | 3:10.03 | |
| 10 | 21 | セガワ サクタロウ 瀬川朔太郎 (4) | 長与クラブ | 3:10.25 | |
| 11 | 22 | ナカノ ソウスケ 中野 颯亮 (4) | 長与クラブ | 3:10.85 | |
| 12 | 136 | ハヤマ タカハル 葉山 陽春 (4) | 洗切クラブ | 3:11.86 | |
| 13 | 447 | イワサキ シュン 岩崎 瞬 (4) | 南部AC | 3:14.09 | |
| 14 | 191 | ホリエ ヒロキ 堀江 浩喜 (4) | 長崎陸上ク | 3:17.67 | |
| 15 | 137 | マツモト ケンシロウ 松本拳心朗 (4) | 洗切クラブ | 3:21.47 | |
| 16 | 196 | タチ カズシ 田地 和志 (4) | 長崎陸上ク | 3:22.61 | |
| 17 | 197 | タニカド ケンシロウ 谷角賢史郎 (4) | 長崎陸上ク | 3:32.41 |