| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 277 | イノウエ ミツアキ 井上 光昭 (6) | 南部AC | 2:37.64 | |
| 2 | 275 | モガリ ソウタ 茂刈 蒼大 (6) | 南部AC | 2:43.19 | |
| 3 | 329 | コガ イッセイ 古賀 一星 (6) | 長与北 | 2:52.16 | |
| 4 | 14 | マスイ カツヤ 増井 克哉 (6) | 時津北 | 2:55.15 | |
| 5 | 11 | カワイ ギンジ 河井 銀二 (6) | 時津北 | 2:55.75 | |
| 6 | 100 | タケムラ ユウキ 竹村 結貴 (6) | 鳴鼓陸上ク | 2:58.34 | |
| 7 | 278 | オオムラ アキヒト 大村 啓仁 (6) | 南部AC | 3:02.76 | |
| 8 | 13 | ヒラオ エイジ 平尾 瑛士 (6) | 時津北 | 3:07.16 | |
| 9 | 184 | オオツカ リュウシン 大塚 龍心 (6) | 長崎陸上ク | 3:08.46 | |
| 10 | 256 | タニグチ サク 谷口 咲空 (6) | 東長崎JC | 3:09.42 | |
| 11 | 12 | タナベ ヒカル 田邉 輝 (6) | 時津北 | 3:09.69 | |
| 12 | 183 | リ レオン 李 蓮音 (6) | 長崎陸上ク | 4:02.27 |