| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 366 | ヨシキ チサキ 吉木千咲樹 (6) | 南部AC | 5:16.42 | |
| 2 | 60 | マツモト フウキ 松本 楓生 (6) | 島原第一 | 5:18.70 | |
| 3 | 352 | タケシタ カイト 竹下 魁渡 (6) | 梅谷SC | 5:21.53 | |
| 4 | 353 | カワグチ ルカ 川口 瑠夏 (6) | 梅谷SC | 5:21.87 | |
| 5 | 339 | ヨシハラ ヒロアキ 吉原 宏明 (6) | 北串クラブ | 5:33.33 | |
| 6 | 104 | サトウ セイヤ 佐藤 誠也 (5) | 長崎陸上ク | 5:38.93 | |
| 7 | 49 | ヒラノ コウキ 平野 航輝 (6) | 安中JAC | 5:41.95 | |
| 8 | 370 | ヨシダ ナオ 吉田 直生 (5) | 南部AC | 5:41.96 | |
| 9 | 357 | マツオ ユウキ 松尾 優輝 (5) | 梅谷SC | 5:58.06 | |
| 10 | ヒラオカ カズノリ 平岡 和徳 (5) | 長崎陸上ク | 6:00.90 | ||
| 11 | 356 | イケダ タクミ 池田 匠 (5) | 梅谷SC | 6:58.47 | |
| 12 | 351 | アラキ ユウト 荒木 悠斗 (6) | 梅谷SC | 7:15.47 |