| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 411 | ノナカ シンイチロウ 野中慎一郎 (6) | メイホウジュニア 明峰Ｊ | 4:51.73 | |
| 2 | 346 | ハヤシダ ヒロト 林田 洋翔 (6) | オオムラリクジョウク 大村陸上ク | 4:53.76 | |
| 3 | 352 | タケシタ カイト 竹下 魁渡 (6) | ウメダニＳＣ 梅谷SC | 4:54.00 | |
| 4 | 34 | ハラ トモヒロ 原 知寛 (6) | ムラマツクラブ 村松クラブ | 4:54.94 | |
| 5 | 322 | カワグチ ケイイチロウ 川口圭一郎 (6) | メイホウジュニア 明峰Ｊ | 5:00.82 | |
| 6 | 35 | マツナガ シュンヤ 松永 隼弥 (6) | ムラマツクラブ 村松クラブ | 5:01.83 | |
| 7 | 1 | イケダ ヒカル 池田 輝 (6) | ナガヨミナミ 長与南 | 5:02.23 | |
| 8 | 574 | クロキ ショウタ 黒木 翔太 (6) | ヒガシナガサキＪＣ 東長崎JC | 5:02.97 | |
| 9 | 345 | ツチバシ タイチ 土橋 太一 (6) | オオムラリクジョウク 大村陸上ク | 5:05.11 | |
| 10 | 397 | イケダ ルイ 池田 塁 (6) | トオダケＪＲＣ 遠竹JRC | 5:10.15 | |
| 11 | 324 | イノウエ エイジ 井上 詠仁 (6) | メイホウジュニア 明峰Ｊ | 5:11.14 | |
| 12 | 248 | ツル ユウト 鶴 雄人 (6) | ヒガシナガサキＪＣ 東長崎JC | 5:18.03 | |
| 13 | 102 | トリス ソウイチロウ 鳥巣総一朗 (6) | ナガサキリクジョウク 長崎陸上ク | 5:20.73 | |
| 14 | 60 | マツモト フウキ 松本 楓生 (6) | シマバラダイイチ 島原第一 | 5:25.72 | |
| 15 | 3 | ミヤザキ カイリ 宮崎 海里 (6) | ナガヨミナミ 長与南 | 5:26.09 | |
| 16 | 73 | カワゴ レオ 川後 怜央 (6) | ナナツガマＪＣ 七釜JC | 5:28.38 | |
| 17 | 250 | マツオ ケンシン 松尾 健伸 (6) | ヒガシナガサキＪＣ 東長崎JC | 5:29.46 | |
| 18 | 353 | カワグチ ルカ 川口 瑠夏 (6) | ウメダニＳＣ 梅谷SC | 5:34.38 | |
| 19 | 517 | ムカイ リクト 向井 陸人 (6) | メイホウジュニア 明峰Ｊ | 5:37.55 | |
| 20 | 74 | ミヤワキ ケイタ 宮脇 圭太 (6) | ナナツガマＪＣ 七釜JC | 5:44.21 | |
| 21 | 319 | ドイ ヒデタカ 土居 秀隆 (6) | メイホウジュニア 明峰Ｊ | 5:47.14 | |
| 22 | 75 | マツシタ セイリュウ 松下 征龍 (6) | ナナツガマＪＣ 七釜JC | 6:00.14 | |
| 23 | 76 | タサキ ソウマ 田﨑 颯真 (6) | ナナツガマＪＣ 七釜JC | 6:01.68 | |
| 24 | 351 | アラキ ユウト 荒木 悠斗 (6) | ウメダニＳＣ 梅谷SC | 7:16.43 |