| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 437 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (4) | 南部AC | 3:34.10 | |
| 2 | 188 | アハムラ イチサ 阿波村一佐 (4) | 長崎陸上ク | 3:38.69 | |
| 3 | 186 | ナカムラ タダト 中村 一登 (4) | 長崎陸上ク | 3:39.08 | |
| 4 | 187 | コンフジ トシキ 近藤 俊輝 (4) | 長崎陸上ク | 3:39.28 | |
| 5 | 517 | タブチ コウガ 田渕 煌我 (4) | ISAHAYA Jr | 3:49.91 | |
| 6 | 546 | ミヤジマ ユイト 宮島 唯人 (4) | ISAHAYA Jr | 3:56.41 | |
| 7 | 496 | ヤマサキ アツノリ 山崎 敦範 (3) | 長与南 | 3:59.42 | |
| 8 | 164 | キクチ カイ 菊池 櫂 (3) | 北諫早 | 4:02.20 | |
| 9 | 170 | ヒグチ ユウヤ 樋口 雄哉 (3) | ＭＪＣ | 4:03.25 | |
| 10 | 190 | コウムラ タイイチロウ 甲村泰一郎 (3) | 長崎陸上ク | 4:04.41 | |
| 11 | 321 | ナカシマ コウキ 中嶋 晃希 (3) | 長田JC | 4:06.08 | |
| 12 | 373 | ササダ リョウマ 笹田 涼真 (3) | 北串クラブ | 4:06.36 | |
| 13 | 440 | コバヤシ カエデ 小林 楓歩 (4) | 南部AC | 4:08.08 | |
| 14 | 161 | ソノカワ リョウマ 園川 凌真 (4) | 北諫早 | 4:08.09 | |
| 15 | 371 | ババ ケイセイ 馬場 啓成 (3) | 北串クラブ | 4:08.19 | |
| 16 | 490 | マツオ コウキ 松尾 康希 (3) | 梅谷SC | 4:11.24 | |
| 17 | 167 | トウモト ヒロム 東本 大夢 (4) | ＭＪＣ | 4:16.77 | |
| 18 | 372 | マツナガ ソウタ 松永 宗汰 (3) | 北串クラブ | 4:17.66 | |
| 19 | 527 | ハマグチ アユム 浜口 歩 (4) | ISAHAYA Jr | 4:20.07 | |
| 20 | 441 | オノウエ レン 尾上 蓮 (3) | 南部AC | 4:20.36 | |
| 21 | 163 | シマダ レイ 嶋田 零 (3) | 北諫早 | 4:20.51 | |
| 22 | 159 | マキ ムネユキ 牧 宗幸 (4) | 北諫早 | 4:22.80 | |
| 23 | 499 | オオタケ タイセイ 大嶽 太誠 (4) | 長田JC | 4:23.00 | |
| 24 | 160 | フクダ タクミ 福田 拓未 (4) | 北諫早 | 4:23.99 | |
| 25 | 169 | タニグチ レイ 谷口 黎 (3) | ＭＪＣ | 4:26.30 | |
| 26 | 443 | コガ ジン 古賀 仁 (4) | ISAHAYA Jr | 4:28.60 | |
| 27 | 494 | ソノダ テツヤ 園田 哲也 (4) | 北諫早 | 4:30.10 | |
| 28 | 162 | ウスキ ダイゴ 臼木 大悟 (4) | 北諫早 | 4:30.11 | |
| 29 | 347 | ツジカワ ソウイチロウ 辻川宗一郎 (4) | ISAHAYA Jr | 4:30.13 |