| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 322 | サカモト シンタ 坂本 迅太 (5) | 七釜JC | 5:06.74 | |
| 2 | 321 | マスヤマ シント 増山 心人 (5) | 七釜JC | 5:10.36 | |
| 3 | 332 | マツムラ コウキ 松村 剛輝 (5) | 松村AC | 5:14.69 | |
| 4 | 74 | スギモト カンタ 杉本 貫太 (5) | 大瀬戸JC | 5:23.36 | |
| 5 | 217 | トウモト ヒロム 東本 大夢 (5) | ＭＪＣ | 5:30.37 | |
| 6 | 422 | ハマ レオン 濱 黎苑 (5) | 明峰Ｊ | 5:31.75 | |
| 7 | 347 | ナカムラ タダト 中村 一登 (5) | 長崎陸上ク | 5:33.12 | |
| 8 | 64 | コヤナギ カナタ 小栁 新 (5) | 小長井Jr | 5:33.73 | |
| 9 | 98 | タイラ シュンノスケ 平 駿之介 (5) | 東長崎JC | 5:34.61 | |
| 10 | 320 | トミザワ ヒリュウ 冨沢 飛龍 (5) | 七釜JC | 5:34.78 | |
| 11 | 331 | ミウラ マヒロ 三浦 眞尋 (5) | 松村AC | 5:44.80 | |
| 12 | 351 | カメカワ トモヤ 亀川 友哉 (5) | 長崎陸上ク | 5:53.46 | |
| 13 | 99 | ホンダ ライト 本多 来斗 (5) | 東長崎JC | 5:58.25 | |
| 14 | 542 | コイデ コウヨウ 小出 向陽 (5) | 長崎陸上ク | 6:02.92 | |
| 15 | 34 | ソノカワ リョウマ 園川 凌真 (5) | 北諫早 | 6:15.50 | |
| 16 | 459 | シングウ ケンシロウ 新宮健志朗 (5) | 遠竹JRC | 6:17.41 | |
| 17 | 97 | ミツタ シュリ 光田 朱理 (5) | 東長崎JC | 6:17.42 | |
| 18 | 102 | アカザワ ハルキ 赤澤 知樹 (5) | 東長崎JC | 6:19.83 | |
| 19 | 33 | ウスキ ダイゴ 臼木 大悟 (5) | 北諫早 | 6:29.50 | |
| 20 | 104 | カワサキ タクミ 川崎 拓希 (5) | 東長崎JC | 6:30.41 | |
| 21 | 37 | フクダ タクミ 福田 拓未 (5) | 北諫早 | 6:45.65 | |
| 22 | 35 | ソノダ テツヤ 園田 哲也 (5) | 北諫早 | 6:50.12 | |
| 23 | 36 | ヒラノ ケンタ 平野 健太 (5) | 北諫早 | 6:58.92 | |
| 24 | 65 | ヤマビラキ ラン 山開 藍 (5) | 小長井Jr | 7:03.63 |