| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 390 | ハギハラ ショウマ 萩原 翔馬 (2) | 南部AC | 3:08.33 | |
| 2 | 517 | モリヤマ ジント 森山 仁斗 (2) | 大村陸上ク | 3:10.79 | |
| 3 | 51 | サワセ ユウヒ 澤勢 夕陽 (2) | 真津山RC | 3:11.36 | |
| 4 | 452 | トジマ コウヤ 冨嶋 梗矢 (2) | 七釜JC | 3:15.52 | |
| 5 | 391 | タジマ アツヤ 田嶋 春也 (2) | 南部AC | 3:22.94 | |
| 6 | 498 | モリタ ウミ 森田 海 (2) | 長崎陸上ク | 3:25.87 | |
| 7 | 3623 | イワサキ シュン 岩崎 瞬 (2) | 南部AC | 3:25.91 | |
| 8 | 3625 | オノウエ タイガ 尾上 碓臥 (1) | 南部AC | 3:28.96 | |
| 9 | 337 | スギモト マヒロ 杉本 真広 (2) | 梅谷SC | 3:32.34 | |
| 10 | 339 | タナカ リク 田中 律匠 (2) | 梅谷SC | 3:32.59 | |
| 11 | 3618 | コブチ コオル 小渕 響流 (2) | 梅谷SC | 3:33.12 | |
| 12 | 445 | カワノ カイ 川野 櫂 (1) | 明峰Ｊ | 3:36.95 | |
| 13 | 259 | シミズ リョウ 清水 龍 (2) | ISAHAYA Jr | 3:41.19 | |
| 14 | 499 | ジンナイ アツノリ 陣内 篤紀 (1) | 長崎陸上ク | 3:46.65 | |
| 15 | 579 | カワカミ トキ 川上 富輝 (1) | 北串クラブ | 3:50.47 | |
| 16 | 3622 | ヤマダ イチノスケ 山田壱之介 (1) | 南部AC | 3:52.67 | |
| 17 | 3621 | ウエダ ムサシ 上田 武蔵 (1) | 南部AC | 3:54.72 | |
| 18 | 496 | トクヤス ヨウコウ 徳安 陽光 (1) | 梅谷SC | 3:54.99 | |
| 19 | 495 | ノナカ コウセイ 野中 孝生 (1) | 梅谷SC | 3:59.40 | |
| 20 | 537 | オオタ ソウゴ 太田 壮吾 (1) | ISAHAYA Jr | 4:00.77 | |
| 21 | 3626 | ナカムラ ケント 中村 健人 (1) | 南部AC | 4:00.84 | |
| 22 | 472 | アヤベ ショウ 綾部 翔 (2) | ISAHAYA Jr | 4:05.13 |