| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 422 | オノウエ タイガ 尾上 碓臥 (2) | 南部AC | 2:56.82 | |
| 2 | 138 | マツザキ アマト 松崎 天飛 (2) | 松村AC | 3:02.69 | |
| 3 | 139 | マツムラ ユウシ 松村 優志 (2) | 松村AC | 3:05.24 | |
| 4 | 423 | ナカムラ リキ 中村 吏希 (2) | 南部AC | 3:09.43 | |
| 5 | 601 | スギノ トウマ 杉野 橙真 (2) | 松村AC | 3:11.78 | |
| 6 | 157 | クムラ ハルト 久村 春人 (2) | 長崎陸上ク | 3:11.86 | |
| 7 | 574 | オオツ シュウスケ 大津 柊介 (2) | 長与北 | 3:14.32 | |
| 8 | 3046 | ノダ マサト 野田 匡人 (2) | 大村陸上ク | 3:17.67 | |
| 9 | 202 | ツダ ヨシト 津田 吉翔 (2) | ISAHAYA Jr | 3:18.96 | |
| 10 | 441 | オオクボ ハルク 大久保晴來 (2) | 明峰Ｊ | 3:19.74 | |
| 11 | 3047 | フナキ ガク 船木 楽 (1) | 大村陸上ク | 3:22.03 | |
| 12 | 273 | オノウエ ソウスケ 尾上 聡佑 (2) | SC東彼杵 | 3:22.32 | |
| 13 | 234 | カワカミ トキ 川上 富輝 (2) | 北串クラブ | 3:25.69 | |
| 14 | 534 | ヤマサキ ケンシン 山崎 謙芯 (2) | ISAHAYA Jr | 3:27.98 | |
| 15 | 381 | カワノ カイ 川野 櫂 (2) | 明峰Ｊ | 3:28.03 | |
| 16 | 425 | ウエダ ムサシ 上田 武蔵 (2) | 南部AC | 3:33.15 | |
| 17 | 465 | テラダ ナオキ 寺田 直樹 (2) | 明峰Ｊ | 3:34.80 | |
| 18 | 199 | オオタ ソウゴ 太田 壮吾 (2) | ISAHAYA Jr | 3:37.52 | |
| 19 | 475 | ハマダ レン 濱田 蓮 (2) | 大村陸上ク | 3:42.90 | |
| 20 | 201 | ソウダ モトナリ 早田 規成 (2) | ISAHAYA Jr | 3:45.73 | |
| 21 | 203 | テラサキ マナト 寺﨑 真都 (1) | ISAHAYA Jr | 3:45.90 | |
| 22 | 114 | ヒラノ ジュンタ 平野 隼汰 (2) | 北諫早 | 3:48.49 | |
| 23 | 470 | ババ ハルマ 馬場 悠真 (1) | 北串クラブ | 3:48.66 | |
| 24 | 407 | アラキ ユウセイ 荒木 雄星 (1) | 梅谷SC | 3:51.38 | |
| 25 | 535 | モリヤマ タイチ 森山 太一 (2) | ISAHAYA Jr | 3:52.15 | |
| 26 | 200 | ハタナカ コウタロウ 畑中皓太郎 (2) | ISAHAYA Jr | 3:52.19 | |
| 27 | 371 | ツジノ ライガ 辻野 礼雅 (1) | ISAHAYA Jr | 4:09.75 | |
| 28 | 575 | ノザキ カンタ 野崎 幹太 (1) | ISAHAYA Jr | 4:21.74 | |
| 29 | 599 | フナコシ ケンタ 船越 健太 (1) | ISAHAYA Jr | 4:23.95 |