| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 290 | ナカセ コウ 中瀬 昊 (2) | ISAHAYA Jr | 3:01.85 | |
| 2 | 396 | カミト ケイタ 上戸 恵太 (2) | 明峰Ｊ | 3:06.05 | |
| 3 | 381 | シモダ リク 下田 流空 (2) | 長田JC | 3:07.36 | |
| 4 | 285 | テラサキ マナト 寺﨑 真都 (2) | ISAHAYA Jr | 3:07.85 | |
| 5 | 413 | フナキ ガク 船木 楽 (2) | 大村陸上ク | 3:07.94 | |
| 6 | 569 | ドイ カズキ 土井 和輝 (2) | 明峰Ｊ | 3:13.29 | |
| 7 | 514 | イノクチ アツキ 井口 敦貴 (1) | 梅谷SC | 3:19.27 | |
| 8 | 363 | ババ ハルマ 馬場 悠真 (2) | 北串クラブ | 3:20.55 | |
| 9 | 575 | サカモト コウスケ 坂本 光祐 (2) | 長崎陸上ク | 3:24.46 | |
| 10 | 382 | キタミカド タイキ 北御門大輝 (2) | 長田JC | 3:24.51 | |
| 11 | 344 | アラキ ユウセイ 荒木 雄星 (2) | 梅谷SC | 3:29.01 | |
| 12 | 583 | ツジノ ライガ 辻野 礼雅 (2) | ＭＪＣ | 3:29.87 | |
| 13 | 417 | イワタ レンスケ 岩田 蓮亮 (1) | ISAHAYA Jr | 3:31.43 | |
| 14 | 584 | ヤマダ コウ 山田 煌 (1) | ISAHAYA Jr | 3:31.67 | |
| 15 | 364 | コンドウ マサムネ 近藤 潤心 (2) | ｽﾏｲﾙ ﾌﾞﾙｰ | 3:33.79 | |
| 16 | 486 | クサノ ソラ 草野 蒼空 (1) | 北諫早 | 3:33.88 | |
| 17 | 287 | フナコシ ケンタ 船越 健太 (2) | ISAHAYA Jr | 3:37.07 | |
| 18 | 284 | ヤマナカ ツカサ 山中 司 (2) | ISAHAYA Jr | 3:37.18 | |
| 19 | 585 | イワナガ ハルト 岩永 陽翔 (1) | ISAHAYA Jr | 3:38.82 | |
| 20 | 451 | ワシオ ケンスケ 鷲尾 健介 (2) | 南部AC | 3:39.57 | |
| 21 | 3396 | タキガワ ユウガ 滝川 由雅 (1) | SC東彼杵 | 3:39.71 | |
| 22 | 383 | オカノ マサヒロ 岡野 真大 (2) | 長田JC | 3:50.77 | |
| 23 | 289 | クスモト ゼンクウ 楠本 善空 (2) | ISAHAYA Jr | 3:50.82 | |
| 24 | 286 | ノザキ カンタ 野崎 幹太 (2) | ISAHAYA Jr | 3:56.80 | |
| 25 | 288 | ヤマグチ マサハル 山口 雅陽 (2) | ISAHAYA Jr | 4:00.22 | |
| 26 | 586 | タカハシ イツキ 髙橋 樹 (1) | ISAHAYA Jr | 4:08.86 |