| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 952 | カネコ カズキ 金子 和樹 (2) | 長崎東 | 4:16.20 | |
| 2 | 2037 | イシダ ヒロキ 石田 紘樹 | 三菱重工RC | 4:16.82 | |
| 3 | 954 | カワラダ ユウタロウ 瓦田雄太郎 (2) | 長崎東 | 4:20.75 | |
| 4 | 914 | ヤマグチ ケンタロウ 山口健太郎 (1) | 長崎明誠 | 4:23.82 | |
| 5 | 183 | カワゴ レオ 川後 怜央 (2) | 西彼杵 | 4:24.48 | |
| 6 | 881 | ミヤザキ リュウタロウ 宮崎琉太郎 (1) | 長崎南 | 4:25.26 | |
| 7 | 2354 | シズマ リュウセイ 静間 龍成 | 長大医学部 | 4:25.40 | |
| 8 | 858 | ハシグチ ヨシキ 橋口 芳輝 (1) | 長崎南山 | 4:30.99 | |
| 9 | 854 | キド カナト 木戸 奏斗 (1) | 長崎南山 | 4:33.85 | |
| 10 | 2049 | タハラ マサノリ 田原 正則 | 三菱重工RC | 4:34.35 | |
| 11 | 879 | ミゾグチ キョウスケ 溝口 響介 (1) | 長崎南 | 4:34.48 | |
| 12 | 960 | イソ カケル 磯 翔 (1) | 長崎東 | 4:36.07 | |
| 13 | 2133 | モトムラ ケンタ 本村 健太 | 長崎市陸協 | 4:38.50 | |
| 14 | 1122 | モリ ソラ 森 大空 (1) | 海星 | 4:42.43 | |
| 15 | 1000 | ハシグチ セイヤ 橋口 聖也 (1) | 長崎玉成 | 4:51.89 | |
| 16 | 1125 | フクシマ タクミ 福島 拓海 (1) | 海星 | 4:52.53 | |
| 17 | 1072 | ヤマウラ ショウゴ 山浦 翔吾 (1) | 海星 | 5:07.60 | |
| 18 | 1088 | モリ コウスケ 森 康輔 (1) | 西彼杵 | 5:16.52 | |
| 19 | 1101 | ナカシマ マキト 中島 槙飛 (1) | 海星 | 5:27.82 |