| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2134 | ワシオ ユウイチ 鷲尾 優一 | 長崎市陸協 | 15:38.43 | |
| 2 | 935 | ヨシダ トモヤ 吉田 智哉 (2) | 長崎北陽台 | 15:39.43 | |
| 3 | 881 | ミヤザキ リュウタロウ 宮崎琉太郎 (1) | 長崎南 | 15:58.53 | |
| 4 | 13 | サワダ ソウイチロウ 澤田宗一郎 (2) | 青雲 | 15:59.34 | |
| 5 | 954 | カワラダ ユウタロウ 瓦田雄太郎 (2) | 長崎東 | 16:02.83 | |
| 6 | 2158 | シュクワ ナオタカ 宿輪 尚孝 | 長大医学部 | 16:05.21 | |
| 7 | 943 | ヨシダ アサト 吉田 麻人 (1) | 長崎北陽台 | 16:07.25 | |
| 8 | 961 | オオマチ アキラ 大町 滉 (1) | 長崎東 | 16:09.55 | |
| 9 | 937 | シラハマ タケル 白濱 武琉 (1) | 長崎北陽台 | 16:10.15 | |
| 10 | 2155 | カワカミ マサヒロ 川上 真弘 | 長大医学部 | 16:11.28 | |
| 11 | 991 | シモガマ ユウキ 下釜 悠暉 (1) | 長崎西 | 16:15.20 | |
| 12 | 2049 | タハラ マサノリ 田原 正則 | 三菱重工RC | 16:25.49 | |
| 13 | 2442 | フクモト ユウキ 福本 雄貴 | 長崎市陸協 | 16:28.74 | |
| 14 | 952 | カネコ カズキ 金子 和樹 (2) | 長崎東 | 16:38.43 | |
| 15 | 939 | ハラダ リンタロウ 原田凜太郎 (1) | 長崎北陽台 | 16:39.65 | |
| 16 | 985 | マツモト ケイジロウ 松本慧次郎 (2) | 長崎西 | 16:42.70 | |
| 17 | 2133 | モトムラ ケンタ 本村 健太 | 長崎市陸協 | 16:44.08 | |
| 18 | 956 | ナガセ ヤスヒト 永瀬 康人 (2) | 長崎東 | 16:46.40 | |
| 19 | 2130 | スギタニ タカユキ 杉谷 隆之 | 長崎市陸協 | 16:46.58 | |
| 20 | 184 | コバヤシ ヒロト 小林 宏翔 (2) | 西彼杵 | 16:53.40 | |
| 21 | 928 | ウラタ ショウマ 浦田 奨万 (2) | 長崎北陽台 | 16:56.64 | |
| 22 | 24 | イノウエ コウキ 井上 紘希 (1) | 青雲 | 16:57.32 | |
| 23 | 845 | ミヤザキ カイリ 宮﨑 海里 (2) | 長崎南山 | 16:58.01 | |
| 24 | 879 | ミゾグチ キョウスケ 溝口 響介 (1) | 長崎南 | 16:59.02 | |
| 25 | 14 | ハナムラ タイスケ 花村 太翼 (2) | 青雲 | 17:18.99 | |
| 26 | 953 | カワノ ケイスケ 河野 圭亮 (2) | 長崎東 | 17:21.92 | |
| 27 | 989 | オカダ シンノスケ 岡田晋之介 (1) | 長崎西 | 17:29.25 | |
| 28 | 2152 | オカダ アキラ 岡田 晃 | 長大医学部 | 17:30.77 | |
| 29 | 976 | コンドウ アサヒ 近藤 旭 (2) | 長崎西 | 17:42.39 | |
| 30 | 960 | イソ カケル 磯 翔 (1) | 長崎東 | 17:48.71 | |
| 31 | 1062 | イマハタ シンイチロウ 今畠晋一郎 (1) | 海星 | 17:53.22 | |
| 32 | 17 | ホヅミ コウキ 穂積 弘紀 (2) | 青雲 | 17:53.81 | |
| 33 | 12 | キダカ ナオキ 木高 侃幹 (2) | 青雲 | 18:04.73 | |
| 34 | 837 | イリエ シオン 入江 詞音 (2) | 長崎南山 | 18:07.00 | |
| 35 | 938 | ハマカワ アキホ 濵川 晃帆 (1) | 長崎北陽台 | 18:27.78 | |
| 36 | 990 | キモト ソウタ 木本 蒼太 (1) | 長崎西 | 18:45.96 | |
| 37 | 1074 | クワムラ リョウタロウ 桑村亮太朗 (1) | 青雲 | 19:25.49 | |
| 18 | ミヤザキ ユウキ 宮﨑 友規 (2) | 青雲 | DNF |