| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 611 | ヨシウラ ハル 吉浦 悠 (3) | 志佐 | 4:08.80 | |
| 2 | 1041 | ヤマシタ レン 山下 蓮 (3) | 桜が原 | 4:13.45 | |
| 3 | 1010 | タナカ カイセイ 田中 快晴 (3) | 西大村 | 4:14.59 | |
| 4 | 1747 | カワチ リュウセイ 川内 琉生 (3) | 橘 | 4:14.99 | |
| 5 | 1756 | タナカ シュウジ 田中 柊士 (3) | 長崎大附属 | 4:15.49 | |
| 6 | 1150 | マツシタ ユウキ 松下 勇樹 (3) | 森山 | 4:16.85 | |
| 7 | 852 | オガワ エイト 小川 栄人 (3) | 中里 | 4:17.09 | |
| 8 | 129 | アミモト ケイゴ 網本 佳悟 (3) | 東部 | 4:18.74 | |
| 9 | 1123 | ヤマグチ ヨシト 山口 義斗 (3) | 西諫早 | 4:19.71 | |
| 10 | 909 | ダイアン ケイゴ 大安 慶吾 (3) | 彼杵 | 4:21.71 | |
| 11 | 814 | マエダ コウキ 前田 功輝 (3) | 早岐 | 4:22.13 | |
| 12 | 1632 | サカイ ユウスケ 酒井 雄介 (3) | 時津 | 4:23.58 | |
| 13 | 1438 | ハヤシダ シン 林田 心 (3) | 有明 | 4:24.96 | |
| 14 | 1648 | マエダ コウタ 前田 航大 (3) | 鳴北 | 4:26.09 | |
| 15 | 104 | イトセ テンセイ 糸瀬 天晴 (3) | 厳原 | 4:27.54 | |
| 16 | 203 | タケグチ ゼン 竹口 然 (3) | 郷ノ浦 | 4:28.70 | |
| 17 | 1315 | ウエキ テンタ 植木 天太 (3) | 口之津 | 4:29.09 | |
| 18 | 1525 | コヤマ シュンスケ 小山 俊介 (3) | 西海 | 4:30.46 | |
| 19 | 927 | マツナガ シュウタ 松永 秀太 (3) | 川棚 | 4:30.77 | |
| 20 | 1516 | ナガオカ ユヅキ 長岡 祐月 (3) | 西海 | 4:30.97 | |
| 21 | 1223 | キタジマ コウスケ 北嶋 晃介 (3) | 愛野 | 4:31.12 | |
| 22 | 1309 | フジオ シンショウ 藤尾 真照 (3) | 加津佐 | 4:32.06 | |
| 23 | 1212 | カトウ ダイキチロウ 加藤大吉郎 (3) | 瑞穂 | 4:32.41 | |
| 24 | 535 | マスヤ ユウダイ 桝屋 雄大 (3) | 度島 | 4:32.66 | |
| 25 | 228 | イデ キヨタカ 井出 聖貴 (3) | 芦辺 | 4:33.48 | |
| 26 | 302 | フカウラ タイキ 深浦 大暉 (3) | 若松 | 4:34.11 | |
| 27 | 440 | ユミカワ ムサシ 弓川武三史 (3) | 岐宿 | 4:34.32 | |
| 28 | 538 | ヤマグチ ソラ 山口 晴空 (3) | 大島 | 4:39.46 | |
| 29 | 303 | オダ タイガ 小田 太雅 (3) | 若松 | 4:41.43 | |
| 30 | 610 | コニシ ユウガ 小西 勇雅 (3) | 志佐 | 4:41.50 | |
| 31 | 1447 | ミヤザキ リョウスケ 宮崎 了輔 (3) | 有明 | 4:54.69 |