| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1402 | ハマグチ セイタ 濵口 誠太 (2) | 土井首 | 4:28.83 | |
| 2 | 2607 | ハシグチ レオ 橋口 玲生 (2) | 滑石 | 4:30.59 | |
| 3 | 119 | アカザワ ハルキ 赤澤 知樹 (2) | 東長崎 | 4:32.20 | |
| 4 | 3206 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (2) | 小ヶ倉 | 4:37.09 | |
| 5 | 3510 | ソメ タクミ 染 拓實 (2) | 長崎大附属 | 4:43.35 | |
| 6 | 3213 | マツモト コウキ 松本 幸輝 (2) | 小ヶ倉 | 4:48.21 | |
| 7 | 2003 | セキ ホマレ 關 誉 (2) | 淵 | 4:48.78 | |
| 8 | 1312 | オオツカ ユウト 大塚 優斗 (2) | 戸町 | 4:50.31 | |
| 9 | 1306 | コモリ リュウセイ 小森 龍星 (2) | 戸町 | 4:53.56 | |
| 10 | 116 | カワミチ ハルキ 川道 陽輝 (2) | 東長崎 | 4:56.10 | |
| 11 | 2007 | タガワ ミライ 田川 未来 (2) | 淵 | 4:57.89 | |
| 12 | 2211 | イワサキ ハルト 岩﨑 陽斗 (2) | 岩屋 | 5:02.70 | |
| 13 | 2610 | カワカミ マサル 川上 優 (2) | 滑石 | 5:04.05 | |
| 14 | 2204 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (2) | 岩屋 | 5:12.10 | |
| 15 | 306 | トクナガ ミツキ 徳永 光輝 (2) | 桜馬場 | 5:12.52 | |
| 16 | 2406 | カタヤマ ユウタ 片山 結太 (2) | 山里 | 5:17.63 | |
| 17 | 1711 | クボ トモヒロ 久保 友宏 (2) | 福田 | 5:18.04 | |
| 18 | 311 | カワカミ ヒナタ 河上 陽向 (2) | 桜馬場 | 5:18.14 | |
| 19 | 3019 | カワウチ テンセイ 川内 天晴 (2) | 橘 | 5:57.12 | |
| 2306 | アリタニ シンノスケ 有谷信之介 (2) | 西浦上 | DNS | ||
| 3013 | キタガワ タイチ 北川 泰地 (2) | 橘 | DNS |