| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 48 | イチノセ ユイト 一ノ瀬結人 (3) | 瓊浦 | 4:09.13 | |
| 2 | 65 | ハタシマ リョウスケ 畑島 良亮 (2) | 瓊浦 | 4:11.06 | |
| 3 | 57 | マツウラ ハルキ 松浦 陽生 (3) | 瓊浦 | 4:13.35 | |
| 4 | 952 | カネコ カズキ 金子 和樹 (3) | 長崎東 | 4:15.18 | |
| 5 | 914 | ヤマグチ ケンタロウ 山口健太郎 (1) | 長崎明誠 | 4:16.46 | |
| 6 | 956 | ナガセ ヤスヒト 永瀬 康人 (3) | 長崎東 | 4:16.74 | |
| 7 | 53 | トミオカ コタロウ 冨岡虎太郎 (3) | 瓊浦 | 4:19.60 | |
| 8 | 858 | ハシグチ ヨシキ 橋口 芳輝 (2) | 長崎南山 | 4:20.71 | |
| 9 | 989 | オカダ シンノスケ 岡田晋之介 (2) | 長崎西 | 4:21.31 | |
| 10 | 2056 | フクモト ユウキ 福本 雄貴 | 長崎市陸協 | 4:23.09 | |
| 11 | 854 | キド カナト 木戸 奏斗 (2) | 長崎南山 | 4:24.82 | |
| 12 | 2148 | オカダ アキラ 岡田 晃 | 長大医学部 | 4:25.14 | |
| 13 | 3 | コミヤ ショウエイ 小宮 尚栄 (1) | 瓊浦 | 4:28.85 | |
| 14 | 990 | キモト ソウタ 木本 蒼太 (2) | 長崎西 | 4:30.12 | |
| 15 | 1000 | ハシグチ セイヤ 橋口 聖也 (2) | 長崎玉成 | 4:31.62 | |
| 16 | 953 | カワノ ケイスケ 河野 圭亮 (3) | 長崎東 | 4:33.62 | |
| 17 | 1122 | モリ ソラ 森 大空 (1) | 海星 | 4:38.68 | |
| 18 | 2110 | ハシモト ユウタ 橋本 裕太 | 三菱重工RC | 4:38.95 | |
| 19 | 2085 | ハヤシ リョウタ 林 凌大 | 南部AC | 4:40.14 | |
| 20 | 2111 | ハマダ カズヒロ 濱田 和浩 | 三菱重工RC | 4:40.40 | |
| 21 | 1128 | フクシマ マサヒロ 福島 誠啓 (2) | 長崎東 | 5:16.49 |