| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 33 | シバヤマ カケル 柴山 翔光 (6) | 時津クラブ | 2:42.66 | |
| 2 | 121 | セトグチ リョウ 瀬戸口 諒 (6) | 洗切クラブ | 2:50.07 | |
| 3 | 122 | ハヤマ タカハル 葉山 陽春 (5) | 洗切クラブ | 2:51.82 | |
| 4 | 431 | ナルセ ナツキ 鳴瀬 夏輝 (4) | 小月クラブ | 2:53.92 | |
| 5 | 276 | ナカヤマ エイショウ 中山 瑛照 (6) | 高田小 | 2:55.86 | |
| 6 | 317 | オオツ シュウスケ 大津 柊介 (4) | 長与北 | 2:57.17 | |
| 7 | 144 | ホリエ ヒロキ 堀江 浩喜 (5) | 長崎陸上ク | 3:02.28 | |
| 8 | 125 | ナガセ サクタロウ 永瀬朔太郎 (4) | 洗切クラブ | 3:05.05 | |
| 9 | 119 | モリ マオ 森 真王 (6) | 洗切クラブ | 3:06.02 | |
| 10 | 126 | ヤマウチ テッペイ 山内 哲平 (4) | 洗切クラブ | 3:12.03 | |
| 11 | 640 | ヤマモト コタロウ 山本虎太郎 (4) | 時津クラブ | 3:17.91 | |
| 12 | 373 | ヤマシタ レン 山下 蓮生 (4) | 長崎ＡＣＪ | 3:31.29 | |
| 13 | 312 | デミズ リュウ 出水 琉 (4) | 長与南 | 3:33.58 | |
| 14 | 592 | ナカヤマ シュウゴ 中山 柊吾 (4) | 時津クラブ | 3:52.90 | |
| 15 | 43 | フルカワ ショウタ 古川 匠太 (4) | 時津クラブ | 4:08.33 |