| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 820 | オオマチ アキラ 大町 滉 (2) | 長崎東 | 4:19.26 | |
| 2 | 559 | ヤマグチ ケンタロウ 山口健太郎 (2) | 長崎明誠 | 4:19.45 | |
| 3 | 507 | キド カナト 木戸 奏斗 (2) | 長崎南山 | 4:23.50 | |
| 4 | 819 | イソ カケル 磯 翔 (2) | 長崎東 | 4:26.32 | |
| 5 | 504 | ハシグチ ヨシキ 橋口 芳輝 (2) | 長崎南山 | 4:28.13 | |
| 6 | 88 | ヤノ リョウマ 矢野 稜馬 (2) | 海星 | 4:30.18 | |
| 7 | 512 | ヤマサキ ショウタロウ 山崎将大朗 (1) | 長崎南山 | 4:34.42 | |
| 8 | 95 | モリ ソラ 森 大空 (2) | 海星 | 4:36.33 | |
| 9 | 2153 | シズマ リュウセイ 静間 龍成 | 長大医学部 | 4:42.99 | |
| 10 | 96 | フクシマ タクミ 福島 拓海 (2) | 海星 | 4:48.16 | |
| 11 | 560 | シマグチ ソウタ 島口 崇太 (1) | 長崎明誠 | 4:51.63 | |
| 12 | 773 | ヒラ タイヨウ 平 太陽 (1) | 長崎工 | 4:53.60 | |
| 13 | 94 | ナカシマ マキト 中島 槙飛 (2) | 海星 | 4:59.56 | |
| 14 | 616 | ヤマガミ コウイチ 山上 浩一 (1) | 五島南 | 5:00.14 | |
| 15 | 1058 | ヤマダ カズキ 山田 和樹 (1) | 長崎北 | 5:01.18 | |
| 16 | 97 | ムラタ コウキ 村田 航久 (2) | 海星 | 5:13.54 | |
| 17 | 612 | ババ リク 馬場 莉空 (2) | 五島南 | 5:34.20 | |
| 2110 | ハシモト ユウタ 橋本 裕太 | 三菱重工RC | DNF |