| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2056 | フクモト ユウキ 福本 雄貴 | 長崎市陸協 | 15:41.75 | |
| 2 | 554 | サカイ ユウスケ 酒井 雄介 (1) | 長崎北陽台 | 16:06.09 | |
| 3 | 2156 | シュクワ ナオタカ 宿輪 尚孝 | 長大医学部 | 16:12.50 | |
| 4 | 24 | イノウエ コウキ 井上 紘希 (2) | 青雲 | 16:22.74 | |
| 5 | 26 | タカギ キイチロウ 高木貴一郎 (2) | 青雲 | 16:39.56 | |
| 6 | 542 | ハラダ リンタロウ 原田凜太郎 (2) | 長崎北陽台 | 16:53.82 | |
| 7 | 553 | イイノ ソウノスケ 飯野颯之介 (1) | 長崎北陽台 | 16:59.39 | |
| 8 | 2057 | モトムラ ケンタ 本村 健太 | 長崎市陸協 | 17:01.40 | |
| 9 | 545 | コヤマ シュンスケ 小山 俊介 (1) | 長崎北陽台 | 17:01.98 | |
| 10 | 538 | シラハマ タケル 白濱 武琉 (2) | 長崎北陽台 | 17:05.03 | |
| 11 | 2115 | ヤマモト ユウスケ 山本 裕介 | 三菱重工RC | 17:09.82 | |
| 12 | 36 | アベ マヒロ 阿部 真大 (1) | 青雲 | 17:15.97 | |
| 13 | 37 | ヨコヤマ アツシ 横山 敦 (1) | 青雲 | 17:16.51 | |
| 14 | 546 | マワタリ ショウ 馬渡 匠 (1) | 長崎北陽台 | 17:21.28 | |
| 15 | 550 | ドイ タカト 土井 貴斗 (1) | 長崎北陽台 | 17:26.05 | |
| 16 | 1181 | シマル リン 石丸 凜 (2) | 青雲 | 17:26.73 | |
| 17 | 39 | ミヨシ タカフミ 三好 崇文 (1) | 青雲 | 17:28.53 | |
| 18 | 2159 | ナカニシ ジュン 中西 惇 | 長大医学部 | 17:29.90 | |
| 19 | 38 | ヨコセ ゴウ 横瀬 豪 (1) | 青雲 | 17:39.31 | |
| 20 | 108 | ハシグチ セイヤ 橋口 聖也 (2) | 長崎玉成 | 17:48.07 | |
| 21 | 551 | トミモト ヨシヒロ 冨本 愛浩 (1) | 長崎北陽台 | 17:55.28 | |
| 539 | ハマカワ アキホ 濵川 晃帆 (2) | 長崎北陽台 | DNF | ||
| 540 | ヨシダ アサト 吉田 麻人 (2) | 長崎北陽台 | DNF | ||
| 2461 | ハマムラ スミトシ 濱村 好聖 | 長崎大 | DNF | ||
| 547 | タナカ シュウジ 田中 柊士 (1) | 長崎北陽台 | DNF | ||
| 109 | ハヤシダ リュウセイ 林田 瑠生 (2) | 長崎玉成 | DNF | ||
| 30 | イワサキ リオン 岩﨑 理恩 (1) | 青雲 | DNF |