| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3301 | オノウエ レン 尾上 蓮 (2) | 三和 | 4:35.09 | |
| 2 | 3513 | ヤマグチ ジュタ 山口 壽大 (2) | 長崎大附属 | 4:35.22 | |
| 3 | 1904 | コバヤシ イオリ 小林 伊織 (2) | 丸尾 | 4:46.95 | |
| 4 | 3523 | ワタナベ リュウセイ 渡邊 瑠星 (2) | 長崎大附属 | 4:54.57 | |
| 5 | 314 | ナカムラ リョウスケ 中村 涼介 (2) | 桜馬場 | 4:56.14 | |
| 6 | 316 | タカギ カナタ 髙木 奏汰 (2) | 桜馬場 | 4:59.28 | |
| 7 | 1311 | シバタ アツシ 柴田 篤志 (2) | 戸町 | 5:03.14 | |
| 8 | 4501 | マエハマ カイ 前濵 快 (2) | 長崎東 | 5:03.44 | |
| 9 | 2704 | サイキ ユウキ 才木 優希 (2) | 三重 | 5:04.19 | |
| 10 | 108 | サカイ アキラ 酒井 瞭 (2) | 東長崎 | 5:07.20 | |
| 11 | 1708 | ヨシナガ カイト 吉永 海凪 (2) | 福田 | 5:07.84 | |
| 12 | 2103 | ミズノ コウスケ 水野 航佑 (2) | 緑が丘 | 5:09.86 | |
| 13 | 1312 | タケヤマ タイヨウ 竹山 太陽 (2) | 戸町 | 5:10.65 | |
| 14 | 3208 | ヤマシタ ユウヤ 山下 裕也 (2) | 小ヶ倉 | 5:21.83 | |
| 15 | 2409 | アベ リョウタ 阿部 遼汰 (2) | 山里 | 5:23.36 | |
| 16 | 3210 | マツイ コウキ 松井 宏樹 (2) | 小ヶ倉 | 5:23.62 | |
| 17 | 2607 | アオキ アユト 青木吾夢豊 (2) | 滑石 | 5:30.26 | |
| 18 | 2410 | フカホリ コウセイ 深堀 晃生 (2) | 山里 | 5:47.15 | |
| 1901 | オノ アキマサ 小野 晃正 (2) | 丸尾 | DNS |