| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1401 | ハマグチ セイタ 濵口 誠太 (3) | 土井首 | 4:18.30 | |
| 2 | 3504 | ソメ タクミ 染 拓實 (3) | 長崎大附属 | 4:19.69 | |
| 3 | 3201 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (3) | 小ヶ倉 | 4:20.37 | |
| 4 | 106 | アカザワ ハルキ 赤澤 知樹 (3) | 東長崎 | 4:21.56 | |
| 5 | 2005 | セキ ホマレ 關 誉 (3) | 淵 | 4:28.28 | |
| 6 | 3205 | マツモト コウキ 松本 幸輝 (3) | 小ヶ倉 | 4:28.65 | |
| 7 | 1301 | コモリ リュウセイ 小森 龍星 (3) | 戸町 | 4:28.76 | |
| 8 | 1307 | オオツカ ユウト 大塚 優斗 (3) | 戸町 | 4:30.24 | |
| 9 | 2006 | タガワ ミライ 田川 未来 (3) | 淵 | 4:46.53 | |
| 10 | 502 | ミネ ハルキ 嶺 晴樹 (3) | 長崎 | 4:47.10 | |
| 11 | 305 | トクナガ ミツキ 徳永 光輝 (3) | 桜馬場 | 4:53.50 | |
| 12 | 506 | ユヂ シュンスケ 湯地 峻輔 (3) | 長崎 | 4:56.69 | |
| 13 | 104 | カワミチ ハルキ 川道 陽輝 (3) | 東長崎 | 4:57.08 | |
| 14 | 2203 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (3) | 岩屋 | 4:59.27 | |
| 15 | 307 | サカモト ケイタ 坂本 啓太 (3) | 桜馬場 | 5:04.04 | |
| 16 | 2302 | アリタニ シンノスケ 有谷信之介 (3) | 西浦上 | 5:06.48 | |
| 17 | 2404 | カタヤマ ユウタ 片山 結太 (3) | 山里 | 5:11.83 | |
| 18 | 2604 | カワカミ マサル 川上 優 (3) | 滑石 | 5:15.31 | |
| 1407 | フクダ キョウシロウ 福田恭志朗 (3) | 土井首 | DNS | ||
| 2603 | ハシグチ レオ 橋口 玲生 (3) | 滑石 | DNS |