| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 106 | アカザワ ハルキ 赤澤 知樹 (3) | 東長崎 | 9:25.51 | |
| 2 | 3504 | ソメ タクミ 染 拓實 (3) | 長崎大附属 | 9:27.72 | |
| 3 | 3201 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (3) | 小ヶ倉 | 9:31.44 | |
| 4 | 1307 | オオツカ ユウト 大塚 優斗 (3) | 戸町 | 9:36.45 | |
| 5 | 3205 | マツモト コウキ 松本 幸輝 (3) | 小ヶ倉 | 9:45.12 | |
| 6 | 3301 | オノウエ レン 尾上 蓮 (2) | 三和 | 9:56.04 | |
| 7 | 2005 | セキ ホマレ 關 誉 (3) | 淵 | 10:02.75 | |
| 8 | 3513 | ヤマグチ ジュタ 山口 壽大 (2) | 長崎大附属 | 10:05.00 | |
| 9 | 305 | トクナガ ミツキ 徳永 光輝 (3) | 桜馬場 | 10:33.30 | |
| 10 | 2006 | タガワ ミライ 田川 未来 (3) | 淵 | 10:33.47 | |
| 11 | 2203 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (3) | 岩屋 | 10:39.44 | |
| 12 | 506 | ユヂ シュンスケ 湯地 峻輔 (3) | 長崎 | 10:42.60 | |
| 13 | 4501 | マエハマ カイ 前濵 快 (2) | 長崎東 | 10:43.35 | |
| 14 | 108 | サカイ アキラ 酒井 瞭 (2) | 東長崎 | 10:45.88 | |
| 15 | 2404 | カタヤマ ユウタ 片山 結太 (3) | 山里 | 11:41.33 | |
| 2604 | カワカミ マサル 川上 優 (3) | 滑石 | DNS | ||
| 1302 | ナカムラ マコト 中村 真実 (3) | 戸町 | DNS | ||
| 2704 | サイキ ユウキ 才木 優希 (2) | 三重 | DNS |