| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2165 | ワカナ リュウセイ 若菜 瑠聖 | 長崎大 | 4:01.29 | |
| 2 | 2170 | ツルタ リク 鶴田 理久 | 長崎大 | 4:02.27 | |
| 3 | 587 | ナカヤマ ダイチ 中山 大地 (2) | 長崎北 | 4:06.51 | |
| 4 | 2217 | ハマダ カズヒロ 濱田 和浩 | 南部AC | 4:11.20 | |
| 5 | 2220 | ヤマダ レイヤ 山田 怜也 | 南部AC | 4:19.37 | |
| 6 | 2166 | マツセ コウキ 松瀬 光希 | 長崎大 | 4:20.48 | |
| 7 | 132 | ヨシムラ リョウ 吉村 凌 (1) | 中五島 | 4:22.77 | |
| 8 | 2176 | フジナガ コウセイ 藤永 晃世 | 長崎大 | 4:24.94 | |
| 9 | 529 | マルヤマ カンセイ 丸山 寛生 (1) | 長崎南山 | 4:25.17 | |
| 10 | 2454 | ニシカワ カツヒコ 西川 勝彦 | 長崎大 | 4:27.94 | |
| 11 | 489 | ヤマネ コウセイ 山根 晃静 (2) | 長崎東 | 4:32.80 | |
| 12 | 413 | ヒラ タイヨウ 平 太陽 (2) | 長崎工 | 4:35.91 | |
| 13 | 520 | ヤマサキ ショウタロウ 山崎将大朗 (2) | 長崎南山 | 4:39.13 | |
| 14 | 2450 | タシロ ミズキ 田代 瑞貴 | 長崎大 | 4:40.99 | |
| 15 | 411 | タナカ レンタロウ 田中廉太朗 (2) | 長崎工 | 4:42.55 | |
| 16 | 495 | タガワ ミライ 田川 未来 (1) | 長崎東 | 4:43.31 | |
| 17 | 2485 | ホダ タイセイ 保田 泰誠 | 長大医学部 | 4:44.17 | |
| 18 | 547 | ヤマガミ コウイチ 山上 浩一 (2) | 五島南 | 4:54.54 | |
| 19 | 501 | モリシタ フミヤ 森下 文椰 (1) | 長崎東 | 4:55.89 | |
| 20 | 416 | ミヤザキ ハルト 宮崎 陽都 (2) | 長崎工 | 4:56.01 | |
| 21 | 423 | ナカムラ マコト 中村 真実 (1) | 長崎工 | 4:57.89 | |
| 22 | 526 | ヒライシ センリ 平石 千里 (1) | 長崎南山 | 5:11.02 | |
| 23 | 2139 | フナツ ヒサト 舩津 寿人 | 三菱重工RC | 5:11.64 | |
| 24 | 2482 | ソノダ シゲユキ 園田 繁之 | 長大医学部 | 5:19.24 | |
| 25 | 546 | タカミネ ナオ 髙峰 直 (2) | 五島南 | 5:39.07 | |
| 26 | 548 | マツモト シゲカズ 松本 茂和 (1) | 五島南 | 6:19.01 |