| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1704 | マツザキ タイシ 松﨑 大志 (1) | 福田 | 4:48.58 | |
| 2 | 1416 | ツルタ タカヒロ 鶴田 宇大 (1) | 土井首 | 4:54.18 | |
| 3 | 3413 | ハマサキ ダイゴ 濵﨑 大悟 (1) | 琴海 | 4:59.41 | |
| 4 | 4503 | タカハシ アキラ 髙橋 煌良 (1) | 長崎東 | 4:59.64 | |
| 5 | 3521 | ヒエハタ フミアキ 稗圃 史晃 (1) | 長崎大附属 | 4:59.74 | |
| 6 | 3522 | ヤマモト シュウイチロウ 山本秀一郎 (1) | 長崎大附属 | 5:00.84 | |
| 7 | 3208 | ヤマシタ リョウジ 山下 凌史 (1) | 小ヶ倉 | 5:15.55 | |
| 8 | 114 | ナカザト イッキ 中里 一気 (1) | 東長崎 | 5:18.65 | |
| 9 | 1411 | ヤマグチ ハヤテ 山口 颯爽 (1) | 土井首 | 5:20.55 | |
| 10 | 1912 | ヒサマツ ソウタ 久松 颯太 (1) | 丸尾 | 5:26.72 | |
| 11 | 116 | シロタニ ダイナ 城谷 大凪 (1) | 東長崎 | 5:27.27 | |
| 12 | 3412 | ナガオカ ハルミチ 長岡 春道 (1) | 琴海 | 5:29.62 | |
| 13 | 1908 | コバヤシ サツキ 小林 颯季 (1) | 丸尾 | 5:37.03 | |
| 14 | 3010 | イデ ハルト 井手 晴斗 (1) | 橘 | 5:37.66 | |
| 15 | 317 | ハシモト レント 橋本 蓮翔 (1) | 桜馬場 | 5:46.01 | |
| 16 | 4506 | モリシタ ソウタ 森下 創太 (1) | 長崎東 | 6:04.02 | |
| 17 | 318 | マツウラ イツキ 松浦 慈 (1) | 桜馬場 | 6:16.99 | |
| 18 | 2411 | フナコシ コウセイ 舩越 康晟 (1) | 山里 | 7:18.53 |