| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 113 | クロキ リョウマ 黒木 凌真 (2) | 東長崎 | 4:35.83 | |
| 2 | 2801 | サワダ カイリ 沢田 海琳 (2) | 横尾 | 4:44.72 | |
| 3 | 3409 | ナカムラ ショウゴ 中村 匠吾 (2) | 琴海 | 4:44.77 | |
| 4 | 3006 | ソノダ キラ 園田 稀來 (2) | 橘 | 4:50.26 | |
| 5 | 108 | シマダ ユウ 嶋田 悠 (2) | 東長崎 | 4:51.51 | |
| 6 | 2613 | ハシグチ コウ 橋口 誇生 (2) | 滑石 | 4:51.67 | |
| 7 | 1306 | イノマタ チハヤ 猪股 千隼 (2) | 戸町 | 4:57.04 | |
| 8 | 3516 | ヨシムラ タクジ 吉村 拓治 (2) | 長崎大附属 | 5:02.15 | |
| 9 | 2609 | フジワラ シュン 藤原 駿 (2) | 滑石 | 5:13.06 | |
| 10 | 1905 | ヒサマツ テッタ 久松 哲太 (2) | 丸尾 | 5:13.14 | |
| 11 | 311 | ミユキ コウセイ 幸 康生 (2) | 桜馬場 | 5:18.84 | |
| 12 | 504 | ホンジョウ ツクル 本城 創 (2) | 長崎 | 5:19.17 | |
| 13 | 1310 | ホンダ ヒロキ 本田 優揮 (2) | 戸町 | 5:22.21 |