| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3405 | イグチ シュウト 井口 愁斗 (3) | 琴海 | 4:26.96 | |
| 2 | 3301 | オノウエ レン 尾上 蓮 (3) | 三和 | 4:32.71 | |
| 3 | 3505 | ヤマグチ ジュタ 山口 壽大 (3) | 長崎大附属 | 4:42.56 | |
| 4 | 2603 | シモダ コハク 下田 琥珀 (3) | 滑石 | 4:43.55 | |
| 5 | 3506 | ワタナベ リュウセイ 渡邊 瑠星 (3) | 長崎大附属 | 4:45.01 | |
| 6 | 2605 | アオキ アユム 青木吾夢豊 (3) | 滑石 | 4:50.98 | |
| 7 | 1304 | シバタ アツシ 柴田 篤志 (3) | 戸町 | 4:51.02 | |
| 8 | 1305 | タケヤマ タイヨウ 竹山 太陽 (3) | 戸町 | 4:51.52 | |
| 9 | 304 | ナカムラ リョウスケ 中村 涼介 (3) | 桜馬場 | 4:54.22 | |
| 10 | 101 | サカイ アキラ 酒井 瞭 (3) | 東長崎 | 4:58.73 | |
| 11 | 2102 | ミズノ コウスケ 水野 航佑 (3) | 緑が丘 | 5:01.34 | |
| 12 | 2702 | サイキ ユウキ 才木 優希 (3) | 三重 | 5:13.96 | |
| 13 | 306 | タカキ カナタ 髙木 奏汰 (3) | 桜馬場 | 5:21.99 | |
| 14 | 2403 | フカホリ コウセイ 深堀 晃生 (3) | 山里 | 5:45.24 |