| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 578 | クロキ リョウマ 黒木 凌真 (2) | 東長崎 | 4:32.21 | |
| 2 | 331 | ミト シュンスケ 水戸 俊介 (2) | 時津 | 4:34.47 | |
| 3 | 750 | ナカムラ ショウゴ 中村 匠吾 (2) | 琴海 | 4:44.60 | |
| 4 | 1104 | カワヅ ユウタ 川津 結多 (2) | 鳴北 | 4:54.00 | |
| 5 | 1378 | ヒサマツ テッタ 久松 哲太 (2) | 丸尾 | 4:54.70 | |
| 6 | 313 | サカキ ハルキ 榊 春陽 (2) | 戸町 | 4:55.55 | |
| 7 | 16 | ヨシムラ タクジ 吉村 拓治 (2) | 長崎大附属 | 4:57.89 | |
| 8 | 332 | フナモト ユウト 船本 優斗 (2) | 時津 | 4:59.50 | |
| 9 | 681 | マツモト ソウマ 松本 颯真 (2) | 長与 | 5:00.42 | |
| 10 | 137 | ミユキ コウセイ 幸 康生 (2) | 桜馬場 | 5:01.22 | |
| 11 | 1395 | ヤナイ コウタロウ 楊井孝太朗 (2) | 青雲 | 5:03.13 | |
| 12 | 334 | ナカムラ タイカン 中村 成侃 (2) | 時津 | 5:03.95 | |
| 13 | 431 | サワダ カイリ 沢田 海琳 (2) | 横尾 | 5:05.11 | |
| 14 | 311 | イノマタ チハヤ 猪股 千隼 (2) | 戸町 | 5:07.06 | |
| 15 | 1393 | シモミ アキラ 下見 篤煌 (2) | 滑石 | 5:07.67 | |
| 16 | 330 | クサカ ミズキ 日下 瑞稀 (2) | 時津 | 5:15.00 |