| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2245 | ノダ ユウスケ 野田 悠介 (1) | 長崎国際大 | 15:28.12 | |
| 2 | 2078 | モリサキ ユキヒロ 森崎 将尋 (2) | 長崎国際大 | 15:34.90 | |
| 3 | 2072 | イリエ リョウ 入江 龍 (4) | 長崎国際大 | 15:39.84 | |
| 4 | 2133 | ウツミ タケル 内海 健 | 佐世保市陸協 | 15:44.10 | |
| 5 | 2244 | イノウエ カイト 井上 凱斗 (1) | 長崎国際大 | 16:24.21 | |
| 6 | 2267 | デグチ タツキ 出口 達基 (2) | 長崎大 | 16:25.38 | |
| 7 | 2439 | マツオ リク 松尾 玲玖 (1) | 長大医学部 | 16:32.75 | |
| 8 | 2111 | マエノ ヒロタカ 前野 弘隆 | 諫早市陸協 | 16:32.94 | |
| 9 | 2074 | シライ ヒロキ 白井 大稀 (3) | 長崎国際大 | 16:35.97 | |
| 10 | 2262 | トクヤマ カズアキ 徳山 一彰 (2) | 長崎大 | 16:53.12 | |
| 11 | 2216 | ヒダカ ヨウヘイ 日高 陽平 (4) | 県立大ｼｰﾎﾞﾙﾄ | 16:57.13 | |
| 12 | 2242 | イチムラ ショウマ 市村 祥真 (1) | 長崎国際大 | 17:05.04 | |
| 13 | 2075 | ナカオ ユウヤ 中尾 友哉 (3) | 長崎国際大 | 17:12.23 | |
| 14 | 2268 | カトウ ユウジロウ 加藤裕次朗 (3) | 長崎大 | 17:54.64 | |
| 2464 | ヒノ カズマ 日野 和馬 (1) | 長崎大 | DNF | ||
| 2462 | ヨシミ タクト 吉見 拓斗 (1) | 県立大佐世保 | DNF | ||
| 2077 | ヒダカ ケント 日高 健仁 (3) | 長崎国際大 | DNF |