| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2439 | マツオ リク 松尾 玲玖 (1) | 長大医学部 | 4:09.84 | |
| 2 | 160 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (2) | 瓊浦 | 4:10.23 | |
| 3 | 2234 | ヤマダ レイヤ 山田 怜也 | 南部AC | 4:18.93 | |
| 4 | 420 | マルヤマ カンセイ 丸山 寛生 (2) | 長崎南山 | 4:20.08 | |
| 5 | 165 | カワグチ シンタ 川口 新太 (1) | 瓊浦 | 4:21.51 | |
| 6 | 156 | コンドウ ムネタカ 近藤 心隆 (2) | 瓊浦 | 4:22.29 | |
| 7 | 149 | ナカムラ ユウト 中村 悠人 (3) | 瓊浦 | 4:22.55 | |
| 8 | 251 | カワサキ ショウゴ 川崎 将昂 (2) | 長崎北陽台 | 4:25.54 | |
| 9 | 509 | タケモト ユウト 武本 侑大 (1) | 長崎工 | 4:26.02 | |
| 10 | 281 | セキ ホマレ 關 誉 (2) | 長崎南 | 4:26.32 | |
| 11 | 155 | コワタリ タイガ 古渡 大雅 (2) | 瓊浦 | 4:30.34 | |
| 12 | 256 | ナカムラ ユウサク 中村 優作 (2) | 長崎北陽台 | 4:30.92 | |
| 13 | 573 | マエハマ カイ 前濵 快 (1) | 長崎東 | 4:31.60 | |
| 14 | 2285 | カンザキ シンゴ 神﨑 慎吾 | 長崎長与AC | 4:31.80 | |
| 15 | 1030 | ナガオ ハルト 永尾 春翔 (1) | 長崎北 | 4:35.48 | |
| 16 | 417 | ヒライシ センリ 平石 千里 (2) | 長崎南山 | 4:35.48 | |
| 17 | 424 | シモダ コハク 下田 琥珀 (1) | 長崎南山 | 4:36.99 | |
| 18 | 2231 | ナカウネ カンタ 中畝 幹太 | 南部AC | 4:40.78 | |
| 19 | 146 | エグチ ケイ 江口 葵 (3) | 瓊浦 | 4:41.01 | |
| 20 | 253 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (2) | 長崎北陽台 | 4:43.73 | |
| 21 | 223 | サカモト ケイタ 坂本 啓太 (2) | 海星 | 4:45.08 | |
| 22 | 224 | タナカ ジンエイ 田中 仁瑛 (2) | 海星 | 4:46.01 | |
| 23 | 501 | ナカムラ マコト 中村 真実 (2) | 長崎工 | 4:51.24 | |
| 24 | 222 | エハラ レンタロウ 江原蓮太郎 (2) | 海星 | 4:55.76 | |
| 25 | 510 | タバタ ワタル 田端 渉 (1) | 長崎工 | 4:57.54 |