| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 145 | イリハマ キヒロ 入濵 輝大 (3) | 瓊浦 | 15:00.09 | |
| 2 | 148 | コミヤ ショウエイ 小宮 尚栄 (3) | 瓊浦 | 15:27.81 | |
| 3 | 171 | ヒガシ シュウエイ 東 秀叡 (1) | 瓊浦 | 15:38.29 | |
| 4 | 157 | シダ ルイ 志田 月偉 (2) | 瓊浦 | 15:39.90 | |
| 5 | 152 | イデグチ リンタロウ 出口凜太郎 (2) | 瓊浦 | 16:00.01 | |
| 6 | 151 | ヤマモト ダイスケ 山本 大輔 (3) | 瓊浦 | 16:04.03 | |
| 7 | 830 | シノハラ コウスケ 篠原 昂介 (2) | 長崎西 | 16:18.91 | |
| 8 | 554 | オオツカ ユウト 大塚 優斗 (2) | 長崎東 | 16:26.47 | |
| 9 | 161 | ヤマモト シンタロウ 山本慎太郎 (2) | 瓊浦 | 16:27.88 | |
| 10 | 1034 | ヤマモト オウセイ 山本 桜生 (1) | 長崎北 | 16:37.46 | |
| 11 | 253 | ツバキヤマ リュウノスケ 椿山竜之介 (2) | 長崎北陽台 | 16:58.28 | |
| 12 | 2233 | ハヤシ リョウタ 林 凌大 | 南部AC | 17:00.96 | |
| 13 | 552 | アカザワ ハルキ 赤澤 知樹 (2) | 長崎東 | 17:05.64 | |
| 14 | 251 | カワサキ ショウゴ 川崎 将昂 (2) | 長崎北陽台 | 17:05.85 | |
| 16 | 256 | ナカムラ ユウサク 中村 優作 (2) | 長崎北陽台 | 17:25.27 | |
| 17 | 2153 | ソノダ シゲユキ 園田 繁之 (2) | 長大医学部 | 17:31.11 | |
| 18 | 572 | ホリグチ ソウジ 堀口 湊士 (1) | 長崎東 | 17:44.62 | |
| 19 | 1088 | ハラダ シンゴ 原田 慎吾 (1) | 長崎西 | 17:50.39 | |
| 20 | 832 | ニシウラ マサト 西浦 優斗 (2) | 長崎西 | 17:51.41 | |
| 21 | 20 | ツダ コウセイ 津田 紘成 (1) | 青雲 | 17:54.45 | |
| 22 | 556 | タガワ ミライ 田川 未来 (2) | 長崎東 | 17:54.85 | |
| 23 | 18 | クサノ ユウタロウ 草野佑太朗 (1) | 青雲 | 18:02.92 | |
| 573 | マエハマ カイ 前濵 快 (1) | 長崎東 | DNF | ||
| 562 | モリシタ フミヤ 森下 文椰 (2) | 長崎東 | DNF | ||
| 121 | カネコ セイヤ 金子 聖弥 (2) | 長崎玉成 | DNF | ||
| 122 | ハシモト コウキ 橋本 洸稀 (2) | 長崎玉成 | DNF | ||
| 563 | イマイ シュウ 今井 星 (1) | 長崎東 | DNF | ||
| 1138 | カワミチ ハルキ 川道 陽輝 (2) | 長崎西 | DNF | ||
| 267 | ヤマサキ エイト 山﨑 瑛斗 (1) | 長崎北陽台 | DNF | ||
| 1119 | フナクラ シュウト 舩倉 修斗 (1) | 長崎西 | DNF | ||
| 1031 | ハヤシダ レオ 林田 羚央 (1) | 長崎北 | DNF | ||
| 2158 | モトムラ ケンタ 本村 健太 | 長崎市陸協 | DNF | ||
| 21 | ナカムラ シュウセイ 中村 秀誠 (1) | 青雲 | DNF |