| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3525 | カモガワ カズキ 鴨川 和生 (1) | 長崎大附属 | 4:52.06 | |
| 2 | 1710 | モリタ ウミ 森田 海 (1) | 福田 | 4:56.09 | |
| 3 | 3526 | キヤ カイト 木谷 海仁 (1) | 長崎大附属 | 4:59.23 | |
| 4 | 1414 | ノモ タクミ 野母 拓海 (1) | 土井首 | 5:04.29 | |
| 5 | 2916 | アシヅカ ユキト 芦塚 優斗 (1) | 小江原 | 5:16.27 | |
| 6 | 1415 | ハタ ユイト 畑 結智 (1) | 土井首 | 5:18.25 | |
| 7 | 2415 | コバヤシ リュウジン 小林 龍仁 (1) | 山里 | 5:21.78 | |
| 8 | 120 | クボイ アイラ 窪井 逢良 (1) | 東長崎 | 5:23.51 | |
| 9 | 3204 | オガワ シュン 小川 舜 (1) | 小ヶ倉 | 5:25.11 | |
| 10 | 2915 | ムラナカ ヒビキ 村中 響 (1) | 小江原 | 5:25.60 | |
| 11 | 2622 | ムラヤマ ユシン 村山 由心 (1) | 滑石 | 5:33.25 | |
| 12 | 2417 | イトク コウタ 伊德 航汰 (1) | 山里 | 5:37.47 | |
| 13 | 4508 | タナカ ユウト 田中 勇登 (1) | 長崎東 | 5:40.75 | |
| 14 | 124 | モリ カナト 森 奏人 (1) | 東長崎 | 5:51.13 | |
| 15 | 2620 | アイカワ マナト 相川 真慧 (1) | 滑石 | 5:52.43 | |
| 16 | 3205 | タニガワ キズナ 谷川 季絆 (1) | 小ヶ倉 | 6:01.29 | |
| 17 | 2012 | ヤスコウチ ソラ 安河内大空 (1) | 淵 | 6:03.05 | |
| 18 | 2106 | イシダ リヒト 石田 理人 (1) | 緑が丘 | 6:06.17 | |
| 19 | 2209 | コバヤシ マナ 小林 真波 (1) | 岩屋 | 6:34.97 | |
| 1708 | ヒラモト リュウガ 平本 龍雅 (1) | 福田 | DNF |