| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1703 | マツザキ タイシ 松﨑 大志 (2) | 福田 | 4:35.61 | |
| 2 | 1404 | ヤマグチ ハヤテ 山口 颯爽 (2) | 土井首 | 4:38.20 | |
| 3 | 112 | ナカザト イッキ 中里 一気 (2) | 東長崎 | 4:42.95 | |
| 4 | 3410 | ナガオカ ハルミチ 長岡 春道 (2) | 琴海 | 4:46.78 | |
| 5 | 3203 | ヤマシタ リョウジ 山下 凌史 (2) | 小ヶ倉 | 4:51.92 | |
| 6 | 1701 | アリムラ ジン 有村 仁 (2) | 福田 | 4:53.51 | |
| 7 | 3516 | ヤマモト シュウイチロウ 山本秀一郎 (2) | 長崎大附属 | 4:54.55 | |
| 8 | 113 | シロタニ ダイナ 城谷 大凪 (2) | 東長崎 | 4:54.93 | |
| 9 | 2804 | カメヤマ アキサト 亀山 瑛智 (2) | 横尾 | 4:59.51 | |
| 10 | 1904 | コバヤシ サツキ 小林 颯季 (2) | 丸尾 | 4:59.71 | |
| 11 | 1908 | ヒサマツ ソウタ 久松 颯太 (2) | 丸尾 | 5:02.90 | |
| 12 | 3514 | ヒエハタ フミアキ 稗圃 史晃 (2) | 長崎大附属 | 5:04.00 | |
| 13 | 2005 | モリサキ ユウセイ 森﨑 祐晴 (2) | 淵 | 5:13.89 | |
| 14 | 1308 | オオタ セイヤ 太田 誠也 (2) | 戸町 | 5:14.81 | |
| 15 | 308 | マツウラ イツキ 松浦 慈 (2) | 桜馬場 | 5:31.18 | |
| 16 | 2008 | タカモト ソウヤ 高元 颯也 (2) | 淵 | 5:36.42 |