| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 106 | クロキ リョウマ 黒木 凌真 (3) | 東長崎 | 4:27.13 | |
| 2 | 3401 | ナカムラ ショウゴ 中村 匠吾 (3) | 琴海 | 4:28.22 | |
| 3 | 107 | シマダ ユウ 嶋田 悠 (3) | 東長崎 | 4:35.12 | |
| 4 | 3002 | ソノダ キラ 園田 稀來 (3) | 橘 | 4:35.13 | |
| 5 | 2801 | サワダ カイリ 沢田 海琳 (3) | 横尾 | 4:38.35 | |
| 6 | 2905 | オオクス リッペイ 大楠 律平 (3) | 小江原 | 4:44.24 | |
| 7 | 2615 | シモミ アキラ 下見 篤煌 (3) | 滑石 | 4:44.51 | |
| 8 | 1301 | イノマタ チハヤ 猪股 千隼 (3) | 戸町 | 4:44.68 | |
| 9 | 305 | ミユキ コウセイ 幸 康生 (3) | 桜馬場 | 4:48.71 | |
| 10 | 1203 | イマムラ リンタロウ 今村凛太朗 (3) | 梅香崎 | 4:48.78 | |
| 11 | 2603 | ハシグチ コオ 橋口 誇生 (3) | 滑石 | 4:50.83 | |
| 12 | 3506 | ヨシムラ タクジ 吉村 拓治 (3) | 長崎大附属 | 4:52.30 | |
| 13 | 1303 | サカキ ハルキ 榊 春陽 (3) | 戸町 | 4:52.64 | |
| 14 | 1901 | ヒサマツ テッタ 久松 哲太 (3) | 丸尾 | 4:53.14 | |
| 15 | 3005 | カワチ シュウ 川内 柊 (3) | 橘 | 5:07.85 |