| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 106 | クロキ リョウマ 黒木 凌真 (3) | 東長崎 | 9:51.50 | |
| 2 | 1402 | ナカシマ ユウキ 中島 悠希 (2) | 土井首 | 9:54.09 | |
| 3 | 2615 | シモミ アキラ 下見 篤煌 (3) | 滑石 | 9:54.81 | |
| 4 | 3401 | ナカムラ ショウゴ 中村 匠吾 (3) | 琴海 | 9:55.79 | |
| 5 | 107 | シマダ ユウ 嶋田 悠 (3) | 東長崎 | 10:02.32 | |
| 6 | 1701 | アリムラ ジン 有村 仁 (2) | 福田 | 10:25.10 | |
| 7 | 2905 | オオクス リッペイ 大楠 律平 (3) | 小江原 | 10:25.63 | |
| 8 | 3516 | ヤマモト シュウイチロウ 山本秀一郎 (2) | 長崎大附属 | 10:28.64 | |
| 9 | 1404 | ヤマグチ ハヤテ 山口 颯爽 (2) | 土井首 | 10:31.94 | |
| 10 | 3514 | ヒエハタ フミアキ 稗圃 史晃 (2) | 長崎大附属 | 10:39.41 | |
| 11 | 3410 | ナガオカ ハルミチ 長岡 春道 (2) | 琴海 | 10:40.22 | |
| 12 | 1303 | サカキ ハルキ 榊 春陽 (3) | 戸町 | 10:48.38 | |
| 13 | 2804 | カメヤマ アキサト 亀山 瑛智 (2) | 横尾 | 10:55.76 | |
| 14 | 1708 | ヒラモト リュウガ 平本 龍雅 (1) | 福田 | 11:00.17 | |
| 15 | 4201 | ナカオ ソウタ 中尾 相太 (3) | 南山 | 11:09.44 | |
| 16 | 2404 | ウメダ リク 梅田 李空 (3) | 山里 | 12:06.90 |