| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 323 | ハシモト トラノスケ 橋本虎之介 (1) | 西諫早 | 4:48.27 | |
| 2 | 321 | モモタ コウキ 百田 好希 (1) | 西諫早 | 4:48.34 | |
| 3 | 1815 | サナカ ケンセイ 佐仲 健生 (1) | 諫早高附属 | 4:51.10 | |
| 4 | 118 | トミオカ シュウセイ 冨岡 柊誠 (1) | 諫早 | 4:53.89 | |
| 5 | 608 | フカホリ リュウ 深堀 龍 (1) | 長田 | 4:58.44 | |
| 6 | 606 | ハマダ ユウガ 濱田 結雅 (1) | 長田 | 4:58.68 | |
| 7 | 1814 | ナミト ケンタ 波戸 健太 (1) | 諫早高附属 | 4:59.50 | |
| 8 | 320 | ツジノ テンマ 辻野 天雅 (1) | 西諫早 | 5:09.31 | |
| 9 | 1813 | クボ フウガ 久保 風雅 (1) | 諫早高附属 | 5:12.32 | |
| 10 | 1208 | ミズカミ カナタ 水上 叶太 (1) | 高来 | 5:12.91 | |
| 11 | 1115 | ミゾカミ タカト 溝上 鳳斗 (1) | 森山 | 5:16.76 | |
| 12 | 718 | マツオ アキラ 松尾 旭 (1) | 北諫早 | 5:20.81 | |
| 13 | 720 | モリ セイヨウ 森 聖陽 (1) | 北諫早 | 5:20.83 | |
| 14 | 1317 | スエナガ マコト 末長 眞 (1) | 小長井 | 5:22.51 | |
| 15 | 319 | サワセ ユウヒ 澤勢 夕陽 (1) | 西諫早 | 5:25.24 | |
| 16 | 717 | ヒガシネ カイリ 東根 海璃 (1) | 北諫早 | 5:27.45 | |
| 17 | 126 | イワタ ヒロト 岩田 紘翔 (1) | 諫早 | 5:27.87 | |
| 18 | 609 | マツオ コウセイ 松尾 晄成 (1) | 長田 | 5:29.57 | |
| 19 | 1013 | ホンダ タケル 本多 健琉 (1) | 長崎日大 | 5:30.43 | |
| 20 | 849 | マツモト イオリ 松本 伊織 (1) | 真城 | 5:31.88 | |
| 21 | 1113 | サカグチ ユイト 坂口 結人 (1) | 森山 | 5:32.44 | |
| 22 | 1318 | ツツミ ハルト 堤 悠人 (1) | 小長井 | 5:37.48 | |
| 23 | 1321 | タグチ ユウガ 田口 優雅 (1) | 小長井 | 5:37.82 | |
| 24 | 723 | タサキ シュウタ 田﨑 修太 (1) | 北諫早 | 5:49.08 | |
| 25 | 1114 | キシカワ シュンスケ 岸川 俊輔 (1) | 森山 | 5:57.66 | |
| 26 | 119 | ヤマグチ サトキ 山口 賢希 (1) | 諫早 | 6:02.68 |