| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | タカス フミヤ 高巢 史也 (5) | 村松クラブ | 2:50.15 | |
| 2 | 177 | コンドウ ヒカル 近藤 光 (5) | 洗切クラブ | 2:59.59 | |
| 3 | 41 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (5) | 長崎陸上ク | 2:59.67 | |
| 4 | 183 | ニシカワ タケト 西川 武杜 (5) | 鳴鼓陸上ク | 2:59.68 | |
| 5 | 83 | ハマサキ セイヤ 濵崎 聖也 (5) | 時津北 | 3:02.44 | |
| 6 | 129 | ナカヤマ コウエイ 中山 煌瑛 (5) | 高田小 | 3:05.83 | |
| 7 | 79 | アライ ハルキ 新井 陽希 (5) | 時津北 | 3:06.32 | |
| 8 | 76 | ハマサキ リュウセイ 濵﨑 龍成 (5) | 時津北 | 3:07.28 | |
| 9 | 1 | サトウ ハクト 佐藤 珀斗 (5) | 村松クラブ | 3:08.03 | |
| 10 | 42 | ナマタメ ユウセイ 生田目悠聖 (5) | 長崎陸上ク | 3:11.68 | |
| 11 | 81 | フジタ ナナキ 藤田 七輝 (5) | 時津北 | 3:16.53 | |
| 12 | 184 | ハマサキ モトイ 浜崎 基 (5) | 鳴鼓陸上ク | 3:18.58 | |
| 13 | 82 | イワナガ シンタロウ 岩永慎太郎 (5) | 時津北 | 3:20.13 | |
| 14 | 188 | カワミチ トキ 川道 登輝 (5) | 鳴鼓陸上ク | 3:20.88 | |
| 15 | 44 | ヤマウチ ヒロト 山内 大翔 (5) | 長崎陸上ク | 3:22.78 | |
| 16 | 178 | マツオ アツト 松尾 篤人 (5) | 洗切クラブ | 3:26.08 | |
| 17 | 78 | モトカワ ヒロキ 本川 裕稀 (5) | 時津北 | 3:39.23 |