| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 164 | イグチ シュウト 井口 愁斗 (2) | 瓊浦 | 4:00.26 | NGR |
| 2 | 160 | ヤナイ ケンジ 柳井 健司 (3) | 瓊浦 | 4:08.40 | |
| 3 | 554 | オオツカ ユウト 大塚 優斗 (3) | 長崎東 | 4:09.15 | |
| 4 | 1034 | ヤマモト オウセイ 山本 桜生 (2) | 長崎北 | 4:10.87 | |
| 5 | 251 | カワサキ ショウゴ 川崎 将昂 (3) | 長崎北陽台 | 4:19.79 | |
| 6 | 157 | シダ ルイ 志田 月偉 (3) | 瓊浦 | 4:22.24 | |
| 7 | 573 | マエハマ カイ 前濵 快 (2) | 長崎東 | 4:23.46 | |
| 8 | 2335 | ヤマダ レイヤ 山田 怜也 | 長崎市陸協 | 4:24.62 | |
| 9 | 1031 | ハヤシダ レオ 林田 羚央 (2) | 長崎北 | 4:30.21 | |
| 10 | 223 | サカモト ケイタ 坂本 啓太 (3) | 海星 | 4:33.94 | |
| 11 | 1138 | カワミチ ハルキ 川道 陽輝 (3) | 長崎西 | 4:34.97 | |
| 12 | 556 | タガワ ミライ 田川 未来 (3) | 長崎東 | 4:35.23 | |
| 13 | 261 | クワハラ ケイタロウ 桑原圭太郎 (2) | 長崎北陽台 | 4:35.57 | |
| 14 | 1119 | フナクラ シュウト 舩倉 修斗 (2) | 長崎西 | 4:37.20 | |
| 15 | 2330 | ナカウネ カンタ 中畝 幹太 | 長崎市陸協 | 4:40.36 | |
| 16 | 121 | カネコ セイヤ 金子 聖弥 (3) | 長崎玉成 | 4:41.99 | |
| 17 | 572 | ホリグチ ソウジ 堀口 湊士 (2) | 長崎東 | 4:47.82 | |
| 18 | 562 | モリシタ フミヤ 森下 文椰 (3) | 長崎東 | 4:54.15 | |
| 19 | 122 | ハシモト コウキ 橋本 洸稀 (3) | 長崎玉成 | 4:56.62 | |
| 20 | 563 | イマイ シュウ 今井 星 (2) | 長崎東 | 5:03.82 |