| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1131 | モモタ コウキ 百田 好希 (2) | 西諫早 | 4:10.38 | NGR |
| 2 | 125 | タワラ ショウキ 俵 匠生 (2) | 雞知 | 4:10.54 | NGR |
| 3 | 1613 | キド カイシュウ 木戸 海秀 (2) | 長与第二 | 4:10.95 | NGR |
| 4 | 408 | オオサコ レイト 大窄 麗斗 (2) | 福江 | 4:11.54 | NGR |
| 5 | 1114 | ハシモト トラノスケ 橋本虎之介 (2) | 西諫早 | 4:14.98 | |
| 6 | 814 | ヤマグチ カナト 山口 叶人 (2) | 早岐 | 4:17.27 | |
| 7 | 1641 | ハマグチ ラク 濵口 楽 (2) | 時津 | 4:24.22 | |
| 8 | 1030 | カワモト ユウタ 川本 悠太 (2) | 大村 | 4:25.67 | |
| 9 | 1720 | モリタ ウミ 森田 海 (2) | 福田 | 4:26.28 | |
| 10 | 118 | ショウジ シュンタ 庄司 旬汰 (2) | 久田 | 4:27.99 | |
| 11 | 1037 | モリヤマ ジント 森山 仁斗 (2) | 大村 | 4:28.81 | |
| 12 | 865 | トミナガ イサオ 富永 勲 (2) | 佐世保北 | 4:31.30 | |
| 13 | 1402 | マツバラ シンジ 松原 慎治 (2) | 島原第一 | 4:31.64 | |
| 14 | 916 | ヤマシタ タクミ 山下 拓海 (2) | 波佐見 | 4:31.91 | |
| 15 | 915 | タカダ ユウゴウ 高田 優剛 (2) | 波佐見 | 4:31.92 | |
| 16 | 1231 | ナカタ ユタカ 中田 裕隆 (2) | 小浜 | 4:33.79 | |
| 17 | 618 | ヨシウラ ヒロト 吉浦 広翔 (2) | 志佐 | 4:38.25 | |
| 18 | 309 | トガワ リュウガ 戸川 琉雅 (2) | 魚目 | 4:38.42 | |
| 19 | 1755 | カモガワ カズキ 鴨川 和生 (2) | 長崎大附属 | 4:39.39 | |
| 20 | 454 | タニガワ イッケイ 谷川 一桂 (2) | 岐宿 | 4:42.65 | |
| 21 | 620 | クボカワ ジン 久保川 仁 (2) | 調川 | 4:46.06 | |
| 22 | 1209 | オオクボ タクマ 大久保匠真 (2) | 国見 | 4:46.37 | |
| 23 | 226 | ヤマモト シトセ 山本翔斗星 (2) | 芦辺 | 4:46.95 | |
| 24 | 228 | シゲイ リオン 重井 俐恩 (2) | 芦辺 | 4:48.09 | |
| 25 | 1518 | ヤマサキ ヒビキ 山﨑 響 (2) | 西海 | 5:00.61 | |
| 26 | 506 | トムラ ダイキ 戸村 大紀 (2) | 平戸 | 5:02.97 | |
| 27 | 1316 | ナカムラ テルキ 中村 晃熙 (2) | 西有家 | 5:06.40 | |
| 28 | 1314 | コブチ コウル 小渕 響流 (2) | 南有馬 | 5:18.04 | |
| 29 | 1425 | ヤスノ カナト 安野 叶人 (2) | 有明 | 5:22.48 | |
| 30 | 508 | ムラタ リュウセイ 村田 隆惺 (2) | 中部 | 5:28.35 | |
| 31 | 1543 | ハヤタ ユウシ 早田 結虹 (2) | 大崎 | 5:30.44 | |
| 32 | 334 | シオドメ ジュン 汐留 潤 (2) | 奈良尾 | 5:34.15 |