| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 311 | ハシモト トラノスケ 橋本虎之介 (2) | 西諫早 | 4:17.54 | |
| 2 | 309 | モモタ コウキ 百田 好希 (2) | 西諫早 | 4:30.34 | |
| 3 | 1134 | ミゾカミ タカト 溝上 鳳斗 (2) | 森山 | 4:38.92 | |
| 4 | 1807 | サナカ ケンセイ 佐仲 健生 (2) | 諫早高附属 | 4:43.32 | |
| 5 | 310 | サワセ ユウヒ 澤勢 夕陽 (2) | 西諫早 | 4:44.13 | |
| 6 | 510 | イシダ ヒロト 石田 大翔 (2) | 小野 | 4:44.85 | |
| 7 | 601 | ハマダ ユウガ 濱田 結雅 (2) | 長田 | 4:45.33 | |
| 8 | 445 | マエソノ コウキ 前園 幸希 (2) | 明峰 | 4:47.01 | |
| 9 | 1211 | ミズカミ カナタ 水上 叶太 (2) | 高来 | 4:47.21 | |
| 10 | 312 | ツジノ テンマ 辻󠄀野 天雅 (2) | 西諫早 | 4:47.62 | |
| 11 | 1009 | ホンダ タケル 本多 健琉 (2) | 長崎日大 | 4:48.48 | |
| 12 | 106 | トミオカ シュウセイ 冨岡 柊誠 (2) | 諫早 | 4:51.72 | |
| 13 | 1808 | ナミト ケンタ 波戸 健太 (2) | 諫早高附属 | 4:53.52 | |
| 14 | 1321 | タグチ ユウガ 田口 優雅 (2) | 小長井 | 4:57.58 | |
| 15 | 1315 | ツツミ ハルト 堤 悠人 (2) | 小長井 | 4:58.14 | |
| 16 | 1809 | クボ フウガ 久保 風雅 (2) | 諫早高附属 | 4:59.23 | |
| 17 | 112 | イワタ ヒロト 岩田 紘翔 (2) | 諫早 | 5:00.58 | |
| 18 | 1215 | ヨシモト テルマ 吉本 瑛真 (2) | 高来 | 5:02.04 | |
| 19 | 713 | タサキ シュウタ 田﨑 修太 (2) | 北諫早 | 5:04.04 | |
| 20 | 1132 | サカグチ ユイト 坂口 結人 (2) | 森山 | 5:05.50 | |
| 21 | 813 | オカ シュンヤ 岡 峻也 (2) | 真城 | 5:05.52 | |
| 22 | 811 | マツモト イオリ 松本 伊織 (2) | 真城 | 5:07.28 | |
| 23 | 507 | サカモト ヒロマサ 坂本 大将 (2) | 小野 | 5:16.89 | |
| 24 | 605 | マツオ コウセイ 松尾 晄成 (2) | 長田 | 5:17.04 | |
| 25 | 1714 | ハシモト ハヤト 橋本 隼 (2) | 琴海 | 5:30.81 | |
| 26 | 1133 | キシカワ シュンスケ 岸川 俊輔 (2) | 森山 | 5:42.78 |