| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 964 | ツルタ タカヒロ 鶴田 宇大 (1) | 瓊浦 | 4:06.69 | |
| 2 | 2183 | ヤマシタ トラノスケ 山下虎之佑 | Victoire | 4:12.04 | |
| 3 | 987 | ミネ モトキ 峯 元樹 (2) | 長崎東 | 4:15.46 | |
| 4 | 204 | シノザキ ユウシン 篠﨑 勇伸 (2) | 海星 | 4:18.91 | |
| 5 | 266 | シモダ ケイ 下田 慶 (1) | 青雲 | 4:24.41 | |
| 6 | 993 | ナカザト イッキ 中里 一気 (1) | 長崎東 | 4:24.58 | |
| 7 | 2484 | カネダ ユウ 金田 悠 | 長崎市陸協 | 4:27.22 | |
| 8 | 449 | ナカタ タケゾウ 中田 武蔵 (2) | 長崎南 | 4:27.45 | |
| 9 | 197 | ヨシダ ケイゴ 吉田 圭吾 (1) | 長崎南山 | 4:36.91 | |
| 10 | 264 | サキモト ケンシン 﨑元 謙心 (1) | 青雲 | 4:38.38 | |
| 11 | 257 | ヤナイ コウタロウ 楊井孝太朗 (2) | 青雲 | 4:39.77 | |
| 12 | 184 | フクシマ ハルム 福島 治夢 (2) | 長崎南山 | 4:39.92 | |
| 13 | 191 | ナガノ コウヘイ 永野 耕平 (1) | 長崎南山 | 4:40.20 | |
| 14 | 778 | ナカヤマ エイショウ 中山 瑛照 (1) | 長崎工 | 4:41.63 | |
| 15 | 999 | ヤマダ ショウタロウ 山田匠太朗 (1) | 長崎東 | 4:43.95 | |
| 16 | 272 | オクダイラ チヒロ 奥平 千寛 (1) | 青雲 | 4:54.01 | |
| 17 | 185 | マスダ ケイト 増田 啓人 (2) | 長崎南山 | 4:56.38 | |
| 18 | 848 | マツカワ ケンタロウ 松川健太郎 (1) | 長崎明誠 | 5:00.62 | |
| 19 | 997 | マツナガ ミツキ 松永 光生 (1) | 長崎東 | 5:04.21 | |
| 20 | 263 | マツオ コトラ 松尾 虹虎 (1) | 青雲 | 5:10.81 | |
| 21 | 182 | ムライ ショウ 村井 翔 (2) | 長崎南山 | 5:13.69 | |
| 22 | 992 | マツウラ イツキ 松浦 慈 (1) | 長崎東 | 5:19.10 | |
| 23 | 459 | タカオ ハル 髙尾 遥 (1) | 長崎南 | 5:19.84 | |
| 24 | 173 | タカハタ レオ 髙畑 玲雄 (2) | 長崎玉成 | 5:34.44 | |
| 25 | 192 | フナツ ハルト 舩津 陽仁 (1) | 長崎南山 | 5:50.93 |