| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 713 | カワイ シュウユ 川井 秀勇 (6) | 明峰Ｊ | 3:15.6 | |
| 2 | 344 | マエノ リュウシン 前野 琉芯 (5) | 明峰Ｊ | 3:16.0 | |
| 3 | 422 | ヒロセ リンタロウ 廣瀬倫太郎 (6) | 大村陸上ク | 3:17.0 | |
| 4 | 420 | オオクボ サトル 大久保 暁 (6) | 大村陸上ク | 3:20.0 | |
| 5 | 424 | ツタノ エイイチ 蔦野 瑛一 (5) | 大村陸上ク | 3:32.2 | |
| 6 | 425 | ヤマグチ タイガ 山口 大雅 (5) | 大村陸上ク | 3:33.8 | |
| 7 | 297 | フクザキ カンタ 福﨑 冠太 (5) | 波佐見Jr | 3:35.5 | |
| 8 | 430 | ウノキ キョウスケ 鵜木 恭介 (6) | 高来クラブ | 3:36.1 | |
| 9 | 14 | モリ イッシン 森 一心 (6) | 諫早クラブ | 3:37.8 | |
| 10 | 423 | セキ アオバ 関 藍羽 (5) | 大村陸上ク | 3:38.2 | |
| 11 | 156 | タナカ シュウマ 田中 秀磨 (6) | ＭＪＣ | 3:38.6 | |
| 12 | 155 | ホリタ ヒロト 堀田 大翔 (6) | ＭＪＣ | 3:39.3 | |
| 13 | 157 | キノシタ ハルト 木下 陽翔 (6) | ＭＪＣ | 3:42.9 | |
| 14 | 345 | タナカ リュウセイ 田中 龍誠 (5) | 明峰Ｊ | 3:44.4 | |
| 15 | 432 | ホンダ ユウマ 本田 雄真 (5) | 高来クラブ | 3:44.7 | |
| 16 | 220 | テラソバ アツキ 寺側 厚紀 (5) | 長田JC | 3:44.9 | |
| 17 | 160 | サンナミ ハルタ 三浪 晴太 (5) | ＭＪＣ | 3:45.7 | |
| 18 | 340 | モリ カイセイ 森 快晴 (6) | 明峰Ｊ | 3:46.1 | |
| 19 | 15 | マツザキ エイスケ 松﨑 英介 (6) | 諫早クラブ | 3:50.7 | |
| 20 | 294 | イワナガ テッペイ 岩永 鉄平 (5) | 波佐見Jr | 3:55.4 | |
| 21 | 223 | ナカムラ コウスケ 中村 孔亮 (5) | 長田JC | 4:00.1 | |
| 22 | 292 | タカサカ シュウマ 高坂 柊真 (6) | 波佐見Jr | 4:02.3 | |
| 23 | 225 | フジオカ マサキ 藤岡 柾喜 (5) | 長田JC | 4:04.4 | |
| 24 | 293 | イワナガ タイチ 岩永 泰知 (6) | 波佐見Jr | 4:09.4 |