| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 337 | ヨコタ カイト 横田 海斗 (1) | 諫早農 | 15:43.22 | |
| 2 | 323 | コマイ レン 駒井 蓮 (2) | 諫早農 | 15:59.25 | |
| 3 | 326 | ノグチ カイタ 野口 海太 (2) | 諫早農 | 16:35.05 | |
| 4 | 719 | コサザ ケイスケ 小佐々恵佑 (1) | 長崎日本大学 | 16:43.78 | |
| 5 | 604 | フジワラ コウタ 藤原 凰多 (2) | 島原 | 17:08.96 | |
| 6 | 692 | コミネ ノイ 小嶺 野依 (2) | 長崎日本大学 | 17:21.14 | |
| 7 | 713 | カワシマ ヤマト 川島 大和 (1) | 長崎日本大学 | 17:26.90 | |
| 8 | 321 | カトウ ユウキ 加藤 優希 (2) | 諫早農 | 17:30.89 | |
| 9 | 613 | タカハラ コウダイ 高原 幸大 (1) | 島原 | 17:34.02 | |
| 10 | 700 | シバハラ キスイ 柴原 祈慧 (1) | 長崎日本大学 | 17:53.06 | |
| 11 | 320 | ヨシオカ マサヤ 吉岡 雅哉 (2) | 諫早農 | 17:55.99 | |
| 12 | 611 | モトムラ タロウ 本村 太郎 (1) | 島原 | 19:22.91 | |
| 13 | 608 | ババ トモヒロ 馬場 智寛 (1) | 島原 | 19:25.87 | |
| 298 | トミタ リュウノスケ 冨田龍之介 (3) | 諫早農 | 17:27.80 | OPN | |
| 610 | ナガヨシ ミオ 永吉 未凰 (1) | 島原 | DNF |