| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1160 | トミヤマ ソウシ 冨山 颯士 (1) | 高来 | 4:28.05 | |
| 2 | 331 | トガワ シンセイ 戸川 心聖 (1) | 魚目 | 4:28.42 | |
| 3 | 102 | カナマル タケル 金丸 驍 (1) | 厳原 | 4:30.37 | |
| 4 | 1029 | カツキ エイタ 香月 瑛太 (1) | 西大村 | 4:36.12 | |
| 5 | 1033 | スミ ミツキ 角 光稀 (1) | 郡 | 4:36.23 | |
| 6 | 912 | ハマサキ アキト 濵﨑 明飛 (1) | 波佐見 | 4:36.64 | |
| 7 | 1643 | アソ ホダカ 阿曽 帆高 (1) | 鳴北 | 4:37.81 | |
| 8 | 865 | スエナガ アユム 末永 歩睦 (1) | 佐世保北 | 4:39.56 | |
| 9 | 503 | タグチ ホクト 田口逢空翔 (1) | 平戸 | 4:39.68 | |
| 10 | 1138 | キタミカ タイキ 北御門大輝 (1) | 長田 | 4:41.07 | |
| 11 | 428 | タナカ センノスケ 田中千之助 (1) | 翁頭 | 4:41.32 | |
| 12 | 863 | ヨシノ シュン 吉野 竣 (1) | 佐々 | 4:43.52 | |
| 13 | 1720 | ドナイ ショウタ 土内 正汰 (1) | 福田 | 4:43.63 | |
| 14 | 1315 | ヒラヤマ ジュンヤ 平山 絢也 (1) | 西有家 | 4:45.77 | |
| 15 | 212 | カワシタ アオキ 川下 蒼希 (1) | 郷ノ浦 | 4:51.35 | |
| 16 | 1309 | イケダ ノブオ 池田 睦大 (1) | 南有馬 | 4:53.46 | |
| 17 | 213 | カセダ リュウキ 加㔟田隆希 (1) | 郷ノ浦 | 4:54.78 | |
| 18 | 611 | トミノ ソラ 冨野 大空 (1) | 志佐 | 4:56.57 | |
| 19 | 1418 | マツナガ ノボル 松永 昇 (1) | 島原第一 | 4:59.44 | |
| 20 | 313 | カワバタ タクト 川端 拓翔 (1) | 上五島 | 4:59.69 | |
| 21 | 1409 | オオタ ハルト 太田 悠翔 (1) | 島原第一 | 5:02.57 | |
| 22 | 1641 | ヤマオカ コウセイ 山岡 航青 (1) | 時津 | 5:04.21 | |
| 23 | 622 | シモムラ レオ 下村 玲鳳 (1) | 今福 | 5:04.52 | |
| 24 | 914 | タナカ リュウセイ 田中 琉晴 (1) | 波佐見 | 5:04.87 | |
| 25 | 419 | イデグチ コウタ 出口 航汰 (1) | 福江 | 5:06.46 | |
| 26 | 129 | タワラ アツキ 俵 充輝 (1) | 雞知 | 5:20.72 | |
| 27 | 508 | ホリ コハク 堀 琥珀 (1) | 平戸 | 5:23.47 | |
| 28 | 1510 | ウラ コドウ 浦 琥道 (1) | 西彼 | 5:32.75 | |
| 29 | 1537 | ナカムラ ナルキ 中村 成希 (1) | 大崎 | 5:35.55 | |
| 1210 | ヨシカワ タイジュ 吉川 敦珠 (1) | 国見 | DNS | ||
| 1754 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (1) | 長崎大附属 | DNS |