| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1131 | モモタ コウキ 百田 好希 (3) | 西諫早 | 4:04.94 | ZEN |
| 2 | 1130 | ハシモト トラノスケ 橋本虎之介 (3) | 西諫早 | 4:09.02 | |
| 3 | 1618 | キド カイシュウ 木戸 海秀 (3) | 長与第二 | 4:10.02 | |
| 4 | 403 | オオサコ レイト 大窄 麗斗 (3) | 福江 | 4:12.59 | |
| 5 | 866 | トミナガ イサオ 富永 勲 (3) | 佐世保北 | 4:12.94 | |
| 6 | 119 | タワラ ショウキ 俵 匠生 (3) | 雞知 | 4:13.37 | |
| 7 | 1234 | ナカタ ユタカ 中田 裕隆 (3) | 小浜 | 4:15.51 | |
| 8 | 1637 | ヤマシタ シュウヤ 山下 柊哉 (3) | 時津 | 4:16.80 | |
| 9 | 910 | タカダ ユウゴウ 髙田 優剛 (3) | 波佐見 | 4:20.86 | |
| 10 | 1719 | モリタ ウミ 森田 海 (3) | 福田 | 4:21.28 | |
| 11 | 911 | ヤマシタ タクミ 山下 拓海 (3) | 波佐見 | 4:24.72 | |
| 12 | 319 | トガワ リュウガ 戸川 琉雅 (3) | 魚目 | 4:25.99 | |
| 13 | 807 | ヤマグチ カナト 山口 叶人 (3) | 早岐 | 4:26.28 | |
| 14 | 1404 | マツバラ シンジ 松原 慎治 (3) | 島原第一 | 4:30.92 | |
| 15 | 1757 | キヤ カイト 木谷 海仁 (3) | 長崎大附属 | 4:31.37 | |
| 16 | 1036 | カワモト ユウタ 川本 悠太 (3) | 大村 | 4:32.19 | |
| 17 | 608 | ヨシウラ ヒロト 吉浦 広翔 (3) | 志佐 | 4:34.81 | |
| 18 | 453 | タニガワ イッケイ 谷川 一桂 (3) | 岐宿 | 4:36.43 | |
| 19 | 1320 | ハヤシダ エイタ 林田 瑛太 (3) | 西有家 | 4:37.13 | |
| 20 | 1044 | トダ オウスケ 戸田 旺佑 (3) | 大村 | 4:39.97 | |
| 21 | 1202 | オオクボ タクマ 大久保匠真 (3) | 国見 | 4:41.33 | |
| 22 | 502 | トムラ ダイキ 戸村 大紀 (3) | 平戸 | 4:43.80 | |
| 23 | 1314 | ナカムラ テルキ 中村 晃煕 (3) | 西有家 | 4:48.62 | |
| 24 | 311 | ヤマダ キョウヤ 山田 梗也 (3) | 上五島 | 4:54.12 | |
| 25 | 1517 | ウラカミ ソウマ 浦上 颯真 (3) | 西海 | 4:56.84 | |
| 26 | 1428 | ヤスノ カナト 安野 叶人 (3) | 有明 | 4:58.93 | |
| 27 | 513 | シンタテ アンジ 新立 安慈 (3) | 田平 | 4:59.84 | |
| 28 | 205 | カセダ リクウ 加㔟田莉空 (3) | 郷ノ浦 | 5:06.24 | |
| 29 | 1533 | ハヤタ ユウシ 早田 結虹 (3) | 大崎 | 5:10.21 | |
| 130 | アビル ソウマ 阿比留聡真 (3) | 雞知 | DNS |