| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3522 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (1) | 長崎大附属 | 4:48.84 | |
| 2 | 1716 | ドナイ ショウタ 土内 正汰 (1) | 福田 | 4:48.87 | |
| 3 | 129 | ニシカワ イオリ 西川 伊織 (1) | 東長崎 | 4:49.94 | |
| 4 | 3523 | マトノ カンタ 的野 勘汰 (1) | 長崎大附属 | 4:54.41 | |
| 5 | 505 | ワシオ ケンスケ 鷲尾 健介 (1) | 長崎 | 5:05.64 | |
| 6 | 3204 | タクミョウ ネオ 宅明 音和 (1) | 小ヶ倉 | 5:17.34 | |
| 7 | 2712 | ウラタ イップウ 浦田 一風 (1) | 三重 | 5:19.54 | |
| 8 | 310 | コモリ コウシロウ 小森晃志郎 (1) | 桜馬場 | 5:25.24 | |
| 9 | 2312 | コバヤシ エイショウ 小林 永昇 (1) | 西浦上 | 5:30.06 | |
| 10 | 2912 | コヅナ ユウリ 小綱 悠理 (1) | 小江原 | 5:35.16 | |
| 11 | 128 | コンドウ マサムネ 近藤 潤心 (1) | 東長崎 | 5:35.63 | |
| 12 | 4510 | ウチダ リュウシン 内田 琉心 (1) | 長崎東 | 5:36.35 | |
| 13 | 4508 | アラキ カンタ 荒木 幹太 (1) | 長崎東 | 5:38.68 | |
| 14 | 1715 | ヤマカワ コウセイ 山川 虹星 (1) | 福田 | 5:42.96 | |
| 15 | 506 | フクダ サネユキ 福田 真之 (1) | 長崎 | 5:44.99 | |
| 16 | 2210 | オクムラ ハヤト 奥村 颯斗 (1) | 岩屋 | 6:30.92 |