| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3414 | ナガオ レオ 長尾 羚煌 (2) | 琴海 | 4:29.20 | |
| 2 | 3413 | イシカワ ヒロ 石川 比呂 (2) | 琴海 | 4:43.55 | |
| 3 | 2616 | エガワ ソウタ 江川 奏太 (2) | 滑石 | 4:43.59 | |
| 4 | 3511 | デグチ ジョウ 出口 丈 (2) | 長崎大附属 | 4:48.24 | |
| 5 | 2705 | モリ ソウスケ 森 奏輔 (2) | 三重 | 4:49.58 | |
| 6 | 3515 | オバタ ソウシロウ 小畑聡史朗 (2) | 長崎大附属 | 4:49.75 | |
| 7 | 2710 | カワバタ エイシン 川端 瑛心 (2) | 三重 | 4:52.45 | |
| 8 | 2103 | ムラセ タクミ 村瀬 巧 (2) | 緑が丘 | 4:53.08 | |
| 9 | 4507 | シモカワ トモナリ 下川 知成 (2) | 長崎東 | 4:56.18 | |
| 10 | 2109 | タニグチ リョウスケ 谷口 椋亮 (2) | 緑が丘 | 4:58.54 | |
| 11 | 504 | タカハシ タケル 髙橋 丈瑠 (2) | 長崎 | 4:58.96 | |
| 12 | 115 | ハラ セイリュウ 原 成龍 (2) | 東長崎 | 4:59.02 | |
| 13 | 4002 | オノウエ タイガ 尾上 碓臥 (2) | Victoire | 5:00.62 | |
| 14 | 2614 | シモミ ヨウヤ 下見 燿靖 (2) | 滑石 | 5:01.12 | |
| 15 | 306 | イケダ ユウト 池田 優翔 (2) | 桜馬場 | 5:08.17 | |
| 16 | 1409 | ナカツラ ヒョウ 中面 彪 (2) | 土井首 | 5:26.77 | |
| 17 | 1709 | ウエマツ レン 植松 蓮 (2) | 福田 | 5:28.65 | |
| 18 | 2410 | ヒガシノ シュンタ 東野 俊太 (2) | 山里 | 5:36.56 | |
| 19 | 122 | クマモト チギリ 熊本 契 (2) | 東長崎 | 5:43.35 |