| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1049 | ナガオ レオ 長尾 羚煌 (1) | 琴海 | 4:42.02 | |
| 2 | 1246 | ナルセ ナツキ 鳴瀬 夏輝 (1) | 青雲 | 4:47.61 | |
| 3 | 992 | ヤマモト コタロウ 山本虎太郎 (1) | 時津 | 4:47.90 | |
| 4 | 1048 | イシカワ ヒロ 石川 比呂 (1) | 琴海 | 4:57.06 | |
| 5 | 973 | シモカワ トモナリ 下川 知成 (1) | 長崎東 | 4:58.43 | |
| 6 | 994 | オオツボ カナト 大坪 奏仁 (1) | 時津 | 4:59.89 | |
| 7 | 1367 | マツモト ゲント 松本 弦人 (1) | 時津 | 5:01.04 | |
| 8 | 1022 | タニグチ リョウスケ 谷口 椋亮 (1) | 緑が丘 | 5:02.81 | |
| 9 | 1168 | ヤマウチ テッペイ 山内 哲平 (1) | 長与第二 | 5:06.14 | |
| 10 | 1369 | オバタ ソウシロウ 小畑聡史朗 (1) | 長崎大附属 | 5:06.45 | |
| 11 | 1183 | オオツ シュウスケ 大津 柊介 (1) | 長与 | 5:07.90 | |
| 12 | 809 | アライ リョウタ 新井 亮太 (1) | 大瀬戸 | 5:10.28 | |
| 13 | 1170 | フルタチ コウタ 古立 航大 (1) | 長与第二 | 5:11.38 | |
| 14 | 1180 | キタヤマ ハル 北山 巴瑠 (1) | 長与 | 5:13.62 | |
| 15 | 1075 | モリ ソウスケ 森 奏輔 (1) | 三重 | 5:14.04 | |
| 16 | 923 | ハラ セイリュウ 原 成龍 (1) | 東長崎 | 5:15.97 | |
| 17 | 971 | タカハシ タケル 髙橋 丈瑠 (1) | 長崎 | 5:16.94 | |
| 18 | 1077 | オガワ コウシ 小川 航史 (1) | 三重 | 5:21.45 | |
| 19 | 1002 | テラオカ リュウセイ 寺岡 流生 (1) | 滑石 | 5:26.49 | |
| 20 | 993 | ナカヤマ シュウゴ 中山 柊吾 (1) | 時津 | 5:37.28 | |
| 21 | 1132 | ヒガシノ シュンタ 東野 俊太 (1) | 山里 | 5:44.23 | |
| 22 | 970 | イマニシ コウタ 今西 康太 (1) | 長崎 | 6:14.35 |