| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 353 | ハシモト トラノスケ 橋本虎之介 (2) | 西諫早 | 4:14.00 | |
| 2 | 351 | モモタ コウキ 百田 好希 (2) | 西諫早 | 4:15.74 | |
| 3 | 130 | モリヤマ ジント 森山 仁斗 (2) | 大村 | 4:32.46 | |
| 4 | 352 | サワセ ユウヒ 澤勢 夕陽 (2) | 西諫早 | 4:32.78 | |
| 5 | 205 | ミゾカミ タカト 溝上 鳳斗 (2) | 森山 | 4:33.62 | |
| 6 | 1425 | トダ オウスケ 戸田 旺佑 (2) | 大村 | 4:34.78 | |
| 7 | 796 | マエソノ コウキ 前園 幸希 (2) | 明峰 | 4:35.10 | |
| 8 | 437 | ハマダ ユウガ 濱田 結雅 (2) | 長田 | 4:35.54 | |
| 9 | 395 | ホンダ タケル 本多 健琉 (2) | 長崎日大 | 4:41.36 | |
| 10 | 228 | ナミト ケンタ 波戸 健太 (2) | 諫早高附属 | 4:45.46 | |
| 11 | 75 | サトウ ヒロト 佐藤 優斗 (2) | 桜が原 | 4:45.75 | |
| 12 | 285 | ミズカミ カナタ 水上 叶太 (2) | 高来 | 4:47.04 | |
| 13 | 289 | ヨシモト テルマ 吉本 瑛真 (2) | 高来 | 4:48.72 | |
| 14 | 223 | キタハラ ユウジン 北原 悠仁 (2) | 諫早高附属 | 4:50.62 | |
| 15 | 574 | イシダ ヒロト 石田 大翔 (2) | 小野 | 4:50.75 | |
| 16 | 132 | ナガノ ソウマ 永野 蒼真 (2) | 大村 | 4:50.97 | |
| 17 | 224 | フキモト ルシン 葺本 琉心 (2) | 諫早高附属 | 4:52.46 | |
| 18 | 882 | オカ シュンヤ 岡 峻也 (2) | 真城 | 4:55.06 | |
| 19 | 203 | サカグチ ユイト 坂口 結人 (2) | 森山 | 4:57.46 | |
| 20 | 335 | ノグチ ナツキ 野口 夏希 (2) | 萱瀬 | 4:57.48 | |
| 21 | 137 | ハシモト ハヤト 橋本 隼 (2) | 諫早琴海 | 5:11.17 | |
| 22 | 441 | マツオ コウセイ 松尾 晄成 (2) | 長田 | 5:15.34 | |
| 23 | 336 | タケモト ソウイチロウ 竹本蒼一朗 (2) | 萱瀬 | 5:16.43 | |
| 24 | 204 | キシカワ シュンスケ 岸川 俊輔 (2) | 森山 | 6:27.49 |