| 順位 | チーム名 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1 | 長崎大附属 | 59:59 | 大会新 |
| 2 | 三和 | 1:00:51 | |
| 3 | 西泊 | 1:01:18 | |
| 4 | 滑石 | 1:02:32 | |
| 5 | 福田 | 1:02:35 | |
| 6 | 琴海 | 1:02:49 | |
| 7 | 三重 | 1:02:52 | |
| 8 | 緑が丘 | 1:02:52 | |
| 9 | 梅香崎 | 1:03:25 | |
| 10 | 小島 | 1:03:26 | |
| 11 | 東長崎 | 1:03:29 | |
| 12 | 岩屋 | 1:03:59 | |
| 13 | 日見 | 1:04:11 | |
| 14 | 橘 | 1:04:25 | |
| 15 | 西浦上 | 1:04:33 | |
| 16 | 桜馬場 | 1:04:38 | |
| 17 | 山里 | 1:04:39 | |
| 18 | 淵 | 1:04:50 | |
| 19 | 長崎東 | 1:04:58 | |
| 20 | 土井首 | 1:05:58 | |
| 21 | 長崎 | 1:05:58 | |
| 22 | 小江原 | 1:06:19 | |
| 23 | 野母崎 | 1:06:36 | |
| 24 | 香焼 | 1:07:14 | |
| 25 | 戸町 | 1:07:40 | |
| 26 | 小ヶ倉 | 1:08:03 | |
| 27 | 深堀 | 1:08:19 | |
| 28 | 横尾 | 1:08:49 | |
| 29 | 片淵 | 1:09:00 | |
| 30 | 三川 | 1:12:04 | |
| 31 | 大浦 | 1:13:03 | |
| 32 | 茂木 | 1:21:36 |