| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1103 | ヤマグチ タカト 山口 誉斗 | 長崎 | 4:01.86 | |
| 2 | 1914 | ハマダ カズヒロ 濱田 和浩 | 西彼 | 4:03.16 | |
| 3 | 1301 | マツオ リク 松尾 玲玖 | 島原 | 4:03.87 | |
| 4 | 1701 | マツセ コウキ 松瀬 光希 | 松浦 | 4:05.93 | |
| 5 | 1404 | ホンダ ケイスケ 本多 圭佑 | 諫早 | 4:13.95 | |
| 6 | 1503 | フジイ アユム 藤井 渉 | 大村 | 4:13.98 | |
| 7 | 1405 | タクシマ ユウキ 宅島 優希 | 諫早 | 4:15.97 | |
| 8 | 1104 | スヤマ ヒロト 巣山 大翔 | 長崎 | 4:21.55 | |
| 9 | 2115 | アキヤマ ハルキ 穐山 春樹 | 南島原 | 4:24.42 | |
| 10 | 1702 | サカモト リョウヘイ 坂本 竜平 | 松浦 | 4:24.74 | |
| 11 | 1206 | ニシナガ リョウ 西永 凌 | 佐世保 | 4:26.91 | |
| 12 | 2771 | ナカタ タケト 中田 武斗 | 雲仙 | 4:35.02 | |
| 13 | 2508 | イヌヅカ リュウノスケ 犬塚竜之介 | 新上五島 | 4:41.16 | |
| 14 | 1502 | マツモト セイヤ 松本 誠也 | 大村 | 4:41.17 | |
| 15 | 1207 | タカクラ チサト 高倉 千智 | 佐世保 | 4:43.39 | |
| 2114 | タカハラ ナオキ 高原 尚輝 | 南島原 | DNS | ||
| 2421 | オオクボ ショウキ 大久保翔貴 | 壱岐 | DNS | ||
| 1305 | イシダ ユウト 石田 悠人 | 島原 | DNS |