| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 118 | トウ イブキ 藤 聖樹 (1) | 雞知 | 4:39.43 | |
| 2 | 1146 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (1) | 喜々津 | 4:40.12 | |
| 3 | 108 | ヒダカ オウシロウ 日高央士郎 (1) | 厳原 | 4:40.57 | |
| 4 | 1753 | キノシタ トモロウ 木下 友郎 (1) | 長崎大附属 | 4:43.58 | |
| 5 | 1028 | オオクボ サトル 大久保 暁 (1) | 西大村 | 4:44.13 | |
| 6 | 502 | トムラ ナオキ 戸村 直紀 (1) | 平戸 | 4:45.71 | |
| 7 | 226 | ナガシマ ユウガ 長嶋 優雅 (1) | 芦辺 | 4:46.75 | |
| 8 | 1537 | ホリヤマ コウキ 堀山 幸暉 (1) | 大瀬戸 | 4:49.56 | |
| 9 | 1029 | トミタ ダイシン 冨田 大心 (1) | 萱瀬 | 4:49.98 | |
| 10 | 207 | ニシ リンノスケ 西 凛乃介 (1) | 郷ノ浦 | 4:50.01 | |
| 11 | 820 | シン ユウキ 進 優希 (1) | 祇園 | 4:50.71 | |
| 12 | 1628 | ワタナベ アサヒ 渡邉 朝日 (1) | 時津 | 4:51.73 | |
| 13 | 1215 | シマダ コハク 島田 琥珀 (1) | 国見 | 4:54.24 | |
| 14 | 417 | エガシラ ミキト 江頭未来都 (1) | 福江 | 4:59.71 | |
| 15 | 1762 | ヒラノ ホタロウ 平野穂太朗 (1) | 長崎大附属 | 5:00.14 | |
| 16 | 1317 | タカハシ アツト 髙橋 篤人 (1) | 西有家 | 5:00.92 | |
| 17 | 446 | タニガワ コウキ 谷川 晃暉 (1) | 三井楽 | 5:01.98 | |
| 18 | 536 | サキモト タクヤ 嵜本 匠也 (1) | 田平 | 5:05.32 | |
| 19 | 1163 | マツモト ソウ 松本 双 (1) | 小長井 | 5:07.65 | |
| 20 | 1659 | ハシモト トモキ 橋本 知樹 (1) | 青雲 | 5:12.87 | |
| 21 | 618 | コニシ タケル 小西 健竜 (1) | 志佐 | 5:13.19 | |
| 22 | 1543 | ミヤムラ ユウセイ 宮村 優誠 (1) | 大瀬戸 | 5:13.54 | |
| 23 | 336 | トミノ カイセイ 冨野 海惺 (1) | 上五島AC | 5:16.69 | |
| 24 | 1318 | アダチ タイガ 安達 大雅 (1) | 西有家 | 5:23.70 | |
| 25 | 1228 | ヨシダ トア 吉田 翔有 (1) | 小浜 | 5:28.48 | |
| 26 | 329 | カワシタ シュウキ 川下 修希 (1) | 有川 | 5:38.27 | |
| 27 | 914 | マツザキ ソラ 松﨑 碧空 (1) | 川棚 | 5:47.89 | |
| 816 | イシバシ コウ 石橋 虹宇 (1) | 崎辺 | DQ *NS | ||
| 603 | サカモト タクマ 坂本 琢磨 (1) | 御厨 | DNS |