| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1157 | トミヤマ ソウシ 冨山 颯士 (2) | 高来 | 4:18.06 | |
| 2 | 861 | スエナガ アユム 末永 歩睦 (2) | 佐世保北 | 4:18.89 | |
| 3 | 1033 | スミ ミツキ 角 光稀 (2) | 郡 | 4:18.93 | |
| 4 | 916 | ハマサキ アキト 濵﨑 明飛 (2) | 波佐見 | 4:19.20 | |
| 5 | 111 | ウチダ ユウノスケ 内田悠之介 (2) | 久田 | 4:20.20 | |
| 6 | 1162 | クマモト コジロウ 隈本虎次郎 (2) | 小長井 | 4:23.44 | |
| 7 | 1315 | ヒラヤマ ジュンヤ 平山 絢也 (2) | 西有家 | 4:24.58 | |
| 8 | 103 | カナマル タケル 金丸 驍 (2) | 厳原 | 4:24.83 | |
| 9 | 1714 | ドナイ ショウタ 土内 正汰 (2) | 福田 | 4:25.00 | |
| 10 | 1751 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (2) | 長崎大附属 | 4:26.31 | |
| 11 | 420 | タナカ センノスケ 田中千之助 (2) | 翁頭 | 4:26.64 | |
| 12 | 209 | カセダ リュウキ 加㔟田隆希 (2) | 郷ノ浦 | 4:28.63 | |
| 13 | 856 | ヨシノ シュン 吉野 峻 (2) | 佐々 | 4:31.27 | |
| 14 | 1664 | アオキ シンタロウ 青木信太朗 (2) | 西彼陸友会 | 4:31.79 | |
| 15 | 416 | イリグチ エイト 入口 瑛翔 (2) | 福江 | 4:32.78 | |
| 16 | 1637 | アソ ホダカ 阿曽 帆高 (2) | 鳴北 | 4:34.91 | |
| 17 | 1403 | オオタ ハルト 太田 悠翔 (2) | 島原第一 | 4:35.54 | |
| 18 | 1415 | マツナガ ノボル 松永 昇 (2) | 島原第一 | 4:36.96 | |
| 19 | 608 | トミノ ソラ 冨野 大空 (2) | 志佐 | 4:43.15 | |
| 20 | 1311 | イケダ ノブオ 池田 睦大 (2) | 南有馬 | 4:44.52 | |
| 21 | 1015 | ミヤモト リキタ 宮本 陸汰 (2) | 玖島 | 4:45.33 | |
| 22 | 509 | タグチ ホクト 田口逢空翔 (2) | 平戸 | 4:45.68 | |
| 23 | 306 | カワバタ タクト 川端 拓翔 (2) | 上五島 | 4:49.94 | |
| 24 | 1209 | ヨシカワ タイジュ 吉川 敦珠 (2) | 国見 | 4:56.81 | |
| 25 | 1536 | ミズモト コウタ 水本 航太 (2) | 大瀬戸 | 4:57.39 | |
| 26 | 602 | キタガワ ケイ 北川 恵 (2) | 御厨 | 4:57.72 | |
| 27 | 1526 | ナカムラ ナルキ 中村 成希 (2) | 大崎 | 4:58.60 | |
| 28 | 917 | タナカ リュウセイ 田中 琉晴 (2) | 波佐見 | 4:59.60 | |
| 29 | 514 | ヨシオカ カズマ 吉岡 和真 (2) | 南部 | 5:00.21 | |
| 201 | カワシタ アオキ 川下 蒼希 (2) | 郷ノ浦 | DNS | ||
| 309 | サトウ スバル 佐藤 昴 (2) | 魚目 | DNS | ||
| 1213 | テラダ ヒロト 寺田 陽斗 (2) | 国見 | DNS |